高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護(hù)、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運行是多學(xué)科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進(jìn)入門檻也進(jìn)一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。

對于“白便”疾病很多專家也都對其進(jìn)行研究，據(jù)研究報道指出：白便的診斷特點是蝦肝胰腺中內(nèi)側(cè)脫落許多小管上皮細(xì)胞，目前把他作為來源于蝦胃的致病菌的一個未知結(jié)果毒素。發(fā)現(xiàn)對蝦產(chǎn)生的的白色糞便和肝胰腺中有大量蠕蟲狀體（ATM），是肝胰腺微絨毛脫落，原始細(xì)胞裂解，形成蠕蟲狀體，像簇蟲而并非簇蟲。白便通過肉眼不難看出，并非消化不好的糞便，而發(fā)病蝦很多表現(xiàn)為空腸空胃，不難判斷這個白色物質(zhì)主要是肝胰臟所產(chǎn)生的分泌物。

循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學(xué)沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。