生化模式凈水主要是靠硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌從無(wú)到有這個(gè)過(guò)程俗稱(chēng)掛膜。硝化細(xì)菌掛膜需要濾材（細(xì)菌屋）；硝化細(xì)菌屬于好氧細(xì)菌，因此需要氧氣；硝化細(xì)菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚(yú)糞。再滿(mǎn)足上訴三個(gè)情況下，保持25度水溫，硝化細(xì)菌從無(wú)到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個(gè)過(guò)程叫冷啟動(dòng)。想快速啟動(dòng)，可以使用液體硝化細(xì)菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進(jìn)來(lái)進(jìn)行引菌，這個(gè)過(guò)程叫熱啟動(dòng)。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問(wèn)題，自然掛膜時(shí)間比淡水系統(tǒng)要長(zhǎng)一倍以上，時(shí)間也隨鹽度升高而延長(zhǎng)。

溶氧量充足可以改善魚(yú)類(lèi)棲息的生活環(huán)境，降低氨氮、亞硝(xiao)酸態(tài)氮、硫化氫等有毒物質(zhì)的濃度。魚(yú)蝦生活在溶氧不足的水中，體質(zhì)將下降，對(duì)疾病抵抗力降低，發(fā)病率升高，在低氧環(huán)境下寄生蟲(chóng)病也易于蔓延。由于國(guó)內(nèi)現(xiàn)階段池塘養(yǎng)殖方式較為廣泛，工廠(chǎng)化養(yǎng)殖廠(chǎng)規(guī)模大多較小，所以主要使用機(jī)械式增氧機(jī)。工廠(chǎng)化養(yǎng)殖規(guī)模大，養(yǎng)殖密度高，對(duì)增氧系統(tǒng)要求高，普遍采用純氧、富氧增氧。雖然機(jī)械式增氧機(jī)目前基本上能滿(mǎn)足國(guó)內(nèi)要求，但是考慮到大規(guī)模正規(guī)的工廠(chǎng)化養(yǎng)魚(yú)廠(chǎng)及發(fā)展趨勢(shì)，純氧、富氧增氧技術(shù)在國(guó)內(nèi)的運(yùn)用是必然。

水體的鹽度和硬度都能達(dá)到飽和進(jìn)而析出，所以必須在系統(tǒng)內(nèi)部放置植物?？梢栽谒w內(nèi)放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹(shù)、地瓜樹(shù)、西瓜、土豆，矮化的果樹(shù)也是可以的。在水池內(nèi)放置水葫蘆則需要注意不能被魚(yú)吃掉了。這樣植物還會(huì)遮光，避免魚(yú)被日光照射，同時(shí)還能收獲大量蔬菜和魚(yú)食。整個(gè)系統(tǒng)是需要日光的，一來(lái)是植物光合作用消耗肥水無(wú)機(jī)鹽，再就是給水體加溫，應(yīng)盡可能的加大日光采集。