在目前的發(fā)展水平下，循環(huán)水養(yǎng)殖模式較高的準入門檻使得循環(huán)水養(yǎng)殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養(yǎng)殖品種有限，限制了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的發(fā)展。近些年來，經(jīng)過專家學者和眾多的養(yǎng)殖企業(yè)的不斷探索，國內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)既是一個復雜的系統(tǒng)工程，又是一個矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養(yǎng)殖品種的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，只要不出現(xiàn)明顯的設(shè)計漏洞，系統(tǒng)運行過程中遇到的很多問題，可以通過系統(tǒng)管理技術(shù)和養(yǎng)殖技術(shù)來解決。

在水產(chǎn)養(yǎng)殖中，底改顧名思義應該就是改良池塘底部理化條件的意思，讓池塘底部的理化條件能夠在適合養(yǎng)殖對象的生存，而這些良好池塘底部理化條件又決定了池塘底部的微生態(tài)圈，從而又決定了池塘有相對高溶解氧、有氧的代謝氨氮和亞*酸鹽等氮循化，起到維護水體生物穩(wěn)定性的營養(yǎng)庫作用。底改就是為了池塘底部保持合適的（不太多也不太少）有機物含量，以發(fā)揮池塘營養(yǎng)庫作用提高池塘生產(chǎn)力同時耗氧量不會太高。也就是說：避免底泥太瘦水體藻生長不穩(wěn)定，同時避免底泥太肥耗氧量太高而水質(zhì)惡化。很多水產(chǎn)養(yǎng)殖戶對于改底也沒有太多的辦法，主要是通過撒生石灰對底部消毒這種傳統(tǒng)辦法改底，這樣是遠遠不夠的。

20世紀90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質(zhì)量高等優(yōu)點，適應了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質(zhì)條件要求高的特點，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質(zhì)水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關(guān)科研計劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。