循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點(diǎn)是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實(shí)現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學(xué)沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。

養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對(duì)于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中Y傾斜的池底和中Y排污方式，可以有效的排出池底污物。當(dāng)同一個(gè)養(yǎng)魚池中魚的大小、強(qiáng)弱不一時(shí)，會(huì)嚴(yán)重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時(shí)進(jìn)行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進(jìn)行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會(huì)使魚體受傷，增加魚的應(yīng)激反應(yīng)。

斜管蟲病是一種寄生蟲性疾病，在水產(chǎn)養(yǎng)殖中也是一種比較常見的寄生蟲性疾病，危害還是蠻大的。斜管蟲病主要發(fā)生在春季和秋季，但是當(dāng)水質(zhì)惡劣、魚體衰弱時(shí)，也會(huì)在夏季或冬季發(fā)生。此病初期沒有明顯癥狀，當(dāng)大量寄生時(shí)，鰓和體表粘液增加，病魚食欲減退，體瘦而發(fā)黑。 斜管蟲一般寄生在淡水魚的鰓及皮膚上，對(duì)溫水性及冷水魚都可造成危害，主要危害魚苗魚種。