但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。

循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)原理：從第1個1400平米養(yǎng)殖車間的水源經(jīng)過蛋白分離（泡沫分離器）、沉淀池沉淀后將水源流向下一個1400平米養(yǎng)殖車間繼續(xù)使用，達(dá)到養(yǎng)殖水源兩次利用，循環(huán)用水50%，大大節(jié)約了地下海水。技術(shù)流程：出水→微濾機(jī)過濾→臭氧消毒→蛋白質(zhì)分離器→生物過濾→紫外殺菌→純氧充氧→監(jiān)測→進(jìn)池。監(jiān)測系統(tǒng)：監(jiān)測pH、DO、T、氧化還原電位，帶有報(bào)警系統(tǒng)。日換水量控制在總水量的10%—15%（即50—80 m3）之間。溫控系統(tǒng)采用地下井水交換來控制。充的純氧來自液氧罐。

循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)作為一種新型養(yǎng)殖模式，通過一系列水處理單元將養(yǎng)殖池中產(chǎn)生的殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝(xiao)酸鹽氮（NO2–N）等有害污染物加以去除,凈化養(yǎng)殖水體環(huán)境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調(diào)溫等處理將凈化后的水體重新輸入養(yǎng)殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養(yǎng)殖生物提供穩(wěn)定可靠、舒適優(yōu)質(zhì)的生活環(huán)境，為高密度養(yǎng)殖提供了有利條件。