生化模式凈水主要是靠硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌從無到有這個(gè)過程俗稱掛膜。硝化細(xì)菌掛膜需要濾材（細(xì)菌屋）；硝化細(xì)菌屬于好氧細(xì)菌，因此需要氧氣；硝化細(xì)菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個(gè)情況下，保持25度水溫，硝化細(xì)菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個(gè)過程叫冷啟動(dòng)。想快速啟動(dòng)，可以使用液體硝化細(xì)菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進(jìn)來進(jìn)行引菌，這個(gè)過程叫熱啟動(dòng)。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時(shí)間比淡水系統(tǒng)要長(zhǎng)一倍以上，時(shí)間也隨鹽度升高而延長(zhǎng)。

工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動(dòng)控制水環(huán)境，水資源消耗小、占地少、對(duì)環(huán)境污染小、產(chǎn)品優(yōu)質(zhì)安全、病害少、密度高、養(yǎng)殖生產(chǎn)不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產(chǎn)出，低風(fēng)險(xiǎn)實(shí)現(xiàn)水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要途徑。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖采取集約化生產(chǎn)方式，減少了人力成本，降低了餌料系數(shù)。10%的養(yǎng)殖面積產(chǎn)出百分百的產(chǎn)量，這僅僅是其優(yōu)勢(shì)之一，更加環(huán)保的養(yǎng)殖方式，也提高了養(yǎng)殖品種的品質(zhì)，可以獲得更好的產(chǎn)品售價(jià)和經(jīng)濟(jì)效益。消費(fèi)者對(duì)高品質(zhì)的水產(chǎn)品需求日益增長(zhǎng)，傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式產(chǎn)出的水產(chǎn)品沒有太多的附加值空間，利潤(rùn)小，風(fēng)險(xiǎn)高，已經(jīng)很難適應(yīng)高端消費(fèi)者的需求。

養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對(duì)于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當(dāng)同一個(gè)養(yǎng)魚池中魚的大小、強(qiáng)弱不一時(shí)，會(huì)嚴(yán)重影響魚的生長(zhǎng)速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時(shí)進(jìn)行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進(jìn)行管理，尤其是幼魚，幼魚生長(zhǎng)比較快，分選和不分選，幼魚的生長(zhǎng)、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會(huì)使魚體受傷，增加魚的應(yīng)激反應(yīng)。