①二代測序一般多久出結(jié)果?
二代測序(Next-GenerationSequencing,NGS)出結(jié)果的時(shí)間會(huì)受到多種因素的影響,一般在數(shù)天到數(shù)周不等。
1、樣本類型和質(zhì)量
不同的樣本類型處理時(shí)間不同。例如,血液樣本相對容易處理,提取DNA的過程比較常規(guī)。如果是組織樣本,可能需要先進(jìn)行樣本的解離等復(fù)雜操作。如果樣本質(zhì)量高,DNA提取和文庫構(gòu)建等前期工作會(huì)比較順利,能加快整體進(jìn)程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質(zhì)量問題,可能需要重新提取樣本或者進(jìn)行DNA修復(fù)等操作,這會(huì)**延長時(shí)間。例如,對于新鮮血液樣本,DNA提取可能在1-2天內(nèi)完成;而對于一些福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本,可能需要3-5天來完成高質(zhì)量DNA的提取和后續(xù)的優(yōu)化處理。
二代測序是先打斷DNA,使其片段化。河南二代測序價(jià)格
對于二代測序的概念是什么?
第二代測序(Next-generationsequencing,NGS)又稱為高通量測序(High-throughputsequencing),是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測序技術(shù)。我們都知道一代測序?yàn)楹铣山K止測序,而二代測序開創(chuàng)性的引入了可逆終止末端,從而實(shí)現(xiàn)邊合成邊測序(SequencingbySynthesis)。二代測序在DNA復(fù)制過程中通過捕捉新添加的堿基所攜帶的特殊標(biāo)記(一般為熒光分子標(biāo)記)來確定DNA的序列,現(xiàn)有的技術(shù)平臺(tái)主要包括Roche的454FLX、lllumina的Miseq/Hiseg等。2005年,羅氏推出了二代測序儀羅氏454,生命科學(xué)開始進(jìn)入高通量測序時(shí)代。2006年,隨著Ilumina系列測序平臺(tái)的推出,極大降低了二代測序的價(jià)格,推動(dòng)了高通量測序在生命科學(xué)各個(gè)研究領(lǐng)域的普及。 寧夏嘉安健達(dá)二代測序二代測序是2005年以后開始的嗎?
什么樣本可以做二代測序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞,其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過提取白細(xì)胞中的DNA,可以進(jìn)行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán),這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA(ctDNA)。通過對血漿中的ctDNA進(jìn)行測序,可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測等。例如,對于肺*患者,檢測血漿中的ctDNA來追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據(jù)。
二代測序——實(shí)驗(yàn)流程類問題
二代測序的實(shí)驗(yàn)流程包括哪些步驟:首先是樣本準(zhǔn)備,提取高質(zhì)量的DNA或RNA,并進(jìn)行片段化處理;然后進(jìn)行文庫構(gòu)建,在片段兩端連接特定接頭;接著進(jìn)行文庫質(zhì)量檢測和定量,合格的文庫上機(jī)測序;***對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括數(shù)據(jù)過濾、比對、變異檢測等。文庫構(gòu)建的關(guān)鍵步驟和注意事項(xiàng)有哪些:關(guān)鍵步驟包括DNA片段化的程度控制、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等。需要注意避免樣本的污染,確保片段化的均勻性,優(yōu)化接頭連接反應(yīng)條件,以及準(zhǔn)確地進(jìn)行文庫定量,以保證文庫的質(zhì)量和測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。 二代測序常用于產(chǎn)前的檢測或診斷。
二代測序的建庫步驟③
三、末端修復(fù)和加A尾(以DNA文庫為例)
末端修復(fù):經(jīng)過片段化后的DNA末端可能是不平齊的,有5'-突出端或3'-突出端。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶,將這些末端補(bǔ)平,使其成為平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性,在合適的反應(yīng)緩沖液和dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)存在下,可以將突出的末端補(bǔ)平。
加A尾:在末端修復(fù)后的平末端DNA分子的3'-末端加上一個(gè)A堿基。這一步是為了后續(xù)連接帶有T-突出端的接頭做準(zhǔn)備,一般使用Klenow片段(3'→5'外切酶活性缺失)在dATP存在下進(jìn)行加A反應(yīng),這樣可以使DNA片段能夠高效地與帶有T-突出端的測序接頭連接。 二代測序廣泛應(yīng)用于個(gè)性化醫(yī)學(xué)。河北二代測序應(yīng)用
二代測序的成本比一代測序高嗎?河南二代測序價(jià)格
二代測序的建庫步驟⑥
六、文庫質(zhì)量檢測
定量檢測:使用熒光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)來確定文庫的濃度。Qubit是一種基于熒光染料與核酸特異性結(jié)合的定量方法,它可以準(zhǔn)確地測量DNA或RNA的濃度,并且對不同大小的核酸片段有較好的定量準(zhǔn)確性。通過定量檢測,可以了解文庫的產(chǎn)量,為后續(xù)的測序上樣量提供參考。
片段大小檢測:利用瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀(如Agilent2100Bioanalyzer)來檢測文庫片段大小。瓊脂糖凝膠電泳是一種傳統(tǒng)的方法,通過將文庫樣品在瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳,根據(jù)DNA片段在電場中的遷移速度來判斷片段大小。生物分析儀則可以提供更精確的片段大小分布和濃度信息,它是基于微流體芯片技術(shù),能夠快速、準(zhǔn)確地分析文庫質(zhì)量。 河南二代測序價(jià)格
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