什么樣本可以做二代測(cè)序？②

組織樣本

新鮮組織：如手術(shù)切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細(xì)胞完整性較好，能夠提供高質(zhì)量的DNA和RNA。在**研究中，對(duì)新鮮**組織進(jìn)行全基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等，可以深入了解**的基因突變、基因表達(dá)變化等情況。例如，在研究結(jié)直腸*的發(fā)病機(jī)制時(shí)，對(duì)手術(shù)切除的結(jié)直腸*組織及其*旁組織進(jìn)行測(cè)序，比較兩者之間的差異，以發(fā)現(xiàn)**相關(guān)的基因變異和表達(dá)調(diào)控異常。

福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織：這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會(huì)有一定程度的損傷和降解，但經(jīng)過(guò)適當(dāng)?shù)奶崛『托迯?fù)處理后，仍然可以用于二代測(cè)序。在回顧性研究中，大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來(lái)。例如，對(duì)多年前保存的乳腺*FFPE組織進(jìn)行測(cè)序，研究乳腺*的疾病進(jìn)展和***反應(yīng)相關(guān)的基因變化。 二代測(cè)序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來(lái)的DNA測(cè)序技術(shù)。黑龍江哪里有二代測(cè)序提供

宏基因組二代測(cè)序，你了解多少？

宏基因組二代測(cè)序（mNGS）是一項(xiàng)覆蓋病原譜廣且高通量的檢測(cè)技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對(duì)于血液病患者，病原mNGS通過(guò)對(duì)樣本快速高通量測(cè)序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對(duì)無(wú)偏倚的病原信息，對(duì)病原診斷起到積極的作用，尤其對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)未覆蓋到或檢測(cè)周期較長(zhǎng)、陽(yáng)性率較低的病原可提高檢出率。對(duì)于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，病理、無(wú)菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報(bào)告解讀應(yīng)充分評(píng)估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時(shí)在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷。 徐匯區(qū)嘉安健達(dá)二代測(cè)序公司denovo測(cè)序是二代測(cè)序嗎？

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程（下）

測(cè)序

根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測(cè)序平臺(tái)，如 Illumina 測(cè)序平臺(tái)。它的測(cè)序原理主要是邊合成邊測(cè)序（SBS）。在測(cè)序過(guò)程中，dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）帶有不同顏色的熒光標(biāo)記，當(dāng)新的 dNTP 加入到正在合成的 DNA 鏈時(shí)，通過(guò)檢測(cè)熒光信號(hào)來(lái)確定堿基類型，從而讀取 cDN**段的序列。測(cè)序深度（覆蓋度）也是一個(gè)重要參數(shù)，一般來(lái)說(shuō)，測(cè)序深度越高，檢測(cè)到的低表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的概率就越大，但成本也會(huì)相應(yīng)增加。

數(shù)據(jù)分析

數(shù)據(jù)質(zhì)量控制是第一步，要去除低質(zhì)量的 reads（如含有較多不確定堿基 “N” 的 reads）和接頭序列。然后將高質(zhì)量的 reads 比對(duì)到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上，常用的比對(duì)軟件有 TopHat、STAR 等。在確定了 reads 的位置后，就可以計(jì)算轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量，常用的方法有 RPKM（Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）等。此外，還可以進(jìn)行差異表達(dá)分析，找出在不同樣本條件下（如疾病組和健康組）表達(dá)量有***差異的轉(zhuǎn)錄本，用于后續(xù)的功能注釋和通路分析，了解這些轉(zhuǎn)錄本可能參與的生物學(xué)過(guò)程和信號(hào)通路。

二代測(cè)序不同應(yīng)用場(chǎng)景下的速度有多快？

病原微生物檢測(cè)：一般來(lái)說(shuō)，二代測(cè)序用于檢測(cè)病原微生物時(shí)，能夠在幾個(gè)小時(shí)到一天左右出結(jié)果。比如在快速檢測(cè)血液中的病原微生物時(shí)，通?？梢栽趲讉€(gè)小時(shí)內(nèi)獲得檢測(cè)結(jié)果，相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法，時(shí)間大幅縮短，傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時(shí)間 。

全基因組測(cè)序：如果是對(duì)人類全基因組進(jìn)行測(cè)序，以目前的技術(shù)水平，使用二代測(cè)序技術(shù)完成一個(gè)人的全基因組測(cè)序，一般需要 1-2 天左右的時(shí)間。而在十幾年前，人類全基因組測(cè)序計(jì)劃***完成時(shí)，耗費(fèi)了大量的時(shí)間和精力，相比之下二代測(cè)序技術(shù)的速度提升***。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)間相對(duì)較短，一般幾個(gè)小時(shí)內(nèi)可以完成對(duì)大量 RNA 分子的測(cè)序和初步數(shù)據(jù)分析，進(jìn)而快速了解基因在特定條件下的表達(dá)情況8. 二代測(cè)序常用于醫(yī)學(xué)篩查或診斷。

二代測(cè)序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展③

技術(shù)優(yōu)化與創(chuàng)新領(lǐng)域

測(cè)序準(zhǔn)確性提高：通過(guò)改進(jìn)測(cè)序試劑、優(yōu)化測(cè)序反應(yīng)條件以及開(kāi)發(fā)更先進(jìn)的數(shù)據(jù)分析算法，二代測(cè)序技術(shù)的準(zhǔn)確性不斷提升，能夠更可靠地檢測(cè)到低頻變異和復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異等。

成本進(jìn)一步降低：隨著技術(shù)的不斷成熟和市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)的加劇，二代測(cè)序的成本持續(xù)下降，使得更多的研究機(jī)構(gòu)和臨床實(shí)驗(yàn)室能夠廣泛應(yīng)用該技術(shù)，推動(dòng)了基因組學(xué)研究和臨床診斷的發(fā)展。

法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域

遺傳標(biāo)記檢測(cè)：現(xiàn)有的二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)能夠完成 STR 遺傳標(biāo)記、SNP 遺傳標(biāo)記、mtDNA 及 mRNA 等遺傳標(biāo)記的測(cè)序，為法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別、親緣關(guān)系鑒定等提供了更豐富、準(zhǔn)確的遺傳信息。

技術(shù)應(yīng)用挑戰(zhàn)與應(yīng)對(duì)：測(cè)序試劑盒中部分遺傳標(biāo)記的優(yōu)化、針對(duì)中國(guó)人群測(cè)序需求的試劑盒開(kāi)發(fā)、數(shù)據(jù)采信標(biāo)準(zhǔn)的制定、測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件的優(yōu)化以及與現(xiàn)有法醫(yī)遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的對(duì)接等，是二代測(cè)序技術(shù)在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域廣泛應(yīng)用的關(guān)鍵，相關(guān)研究正在不斷推進(jìn)以解決這些問(wèn)題 。 宏基因組測(cè)序是二代測(cè)序嗎？甘肅哪里有二代測(cè)序運(yùn)用

二代測(cè)序是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過(guò)低的問(wèn)題而出現(xiàn)的。黑龍江哪里有二代測(cè)序提供

二代測(cè)序——數(shù)據(jù)分析類問(wèn)題

二代測(cè)序數(shù)據(jù)分析的主要內(nèi)容和挑戰(zhàn)是什么：主要內(nèi)容包括數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制、序列比對(duì)、變異檢測(cè)、基因表達(dá)定量、功能注釋等。挑戰(zhàn)在于數(shù)據(jù)量巨大，需要高效的計(jì)算資源和復(fù)雜的生物信息學(xué)算法來(lái)處理；數(shù)據(jù)質(zhì)量參差不齊，需要嚴(yán)格的質(zhì)量控制和過(guò)濾；變異解讀復(fù)雜，需要結(jié)合生物學(xué)知識(shí)和數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行準(zhǔn)確的評(píng)估。如何從海量的二代測(cè)序數(shù)據(jù)中篩選出有意義的信息：通過(guò)設(shè)定合理的質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)過(guò)濾低質(zhì)量數(shù)據(jù)，然后根據(jù)研究目的進(jìn)行針對(duì)性的分析，如在疾病研究中，重點(diǎn)關(guān)注與疾病相關(guān)的基因區(qū)域的變異和表達(dá)變化；利用已知的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和功能注釋信息對(duì)檢測(cè)到的變異和基因進(jìn)行注釋和篩選，優(yōu)先關(guān)注那些對(duì)蛋白質(zhì)功能、基因調(diào)控等有***影響的變異和差異表達(dá)基因。 黑龍江哪里有二代測(cè)序提供