二代測(cè)序——應(yīng)用領(lǐng)域類問(wèn)題
二代測(cè)序在**研究中的應(yīng)用有哪些:可用于**的早期篩查,通過(guò)檢測(cè)血液中的循環(huán)**DNA;進(jìn)行**的診斷分型,確定**的基因突變特征;評(píng)估***效果,監(jiān)測(cè)***過(guò)程中腫瘤細(xì)胞的基因變化;預(yù)測(cè)**的預(yù)后,分析與預(yù)后相關(guān)的基因標(biāo)志物;還可用于尋找**的新靶點(diǎn),為靶向***藥物的研發(fā)提供依據(jù)。二代測(cè)序在遺傳病診斷中的優(yōu)勢(shì)和局限性:優(yōu)勢(shì)在于能夠快速、***地檢測(cè)基因組中的變異,包括單核苷酸變異、小插入缺失、拷貝數(shù)變異等,提高了遺傳病的診斷率。局限性在于對(duì)于復(fù)雜基因組區(qū)域的檢測(cè)可能存在困難,如高度重復(fù)序列區(qū)域;檢測(cè)到的變異需要進(jìn)一步的功能驗(yàn)證和臨床解讀,部分變異的致病性難以確定;此外,成本相對(duì)較高,對(duì)于一些罕見(jiàn)病的診斷,可能需要較大的樣本量和更深入的分析。 什么是二代測(cè)序技術(shù)?河北嘉安健達(dá)二代測(cè)序應(yīng)用
二代測(cè)序——質(zhì)量控制類問(wèn)題
如何評(píng)估二代測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量:主要通過(guò)一些質(zhì)量指標(biāo)來(lái)評(píng)估,如Q值(質(zhì)量值)分布,用于衡量每個(gè)堿基的測(cè)序質(zhì)量;堿基含量分布,檢查四種堿基的比例是否正常;GC含量分布,看是否與預(yù)期的基因組GC含量相符;序列重復(fù)度,評(píng)估數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的比例;比對(duì)率,即測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組比對(duì)上的比例等。影響二代測(cè)序質(zhì)量的因素有哪些:樣本質(zhì)量是關(guān)鍵因素之一,如DNA的純度、完整性和濃度等會(huì)影響文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序結(jié)果;文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中的操作不當(dāng),如片段化過(guò)度、接頭連接效率低等;測(cè)序儀器的性能和運(yùn)行狀態(tài),包括試劑的質(zhì)量、測(cè)序芯片的質(zhì)量、儀器的校準(zhǔn)等;生物信息學(xué)分析過(guò)程中的參數(shù)設(shè)置和算法選擇也會(huì)對(duì)**終的結(jié)果質(zhì)量產(chǎn)生影響。 甘肅哪里有二代測(cè)序應(yīng)用二代測(cè)序是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過(guò)低的問(wèn)題而出現(xiàn)的。
什么樣本可以做二代測(cè)序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見(jiàn)的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞,其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過(guò)提取白細(xì)胞中的DNA,可以進(jìn)行全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對(duì)與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測(cè)序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán),這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA(ctDNA)。通過(guò)對(duì)血漿中的ctDNA進(jìn)行測(cè)序,可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過(guò)程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)等。例如,對(duì)于肺*患者,檢測(cè)血漿中的ctDNA來(lái)追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據(jù)。
什么樣本可以做二代測(cè)序?②
組織樣本
新鮮組織:如手術(shù)切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細(xì)胞完整性較好,能夠提供高質(zhì)量的DNA和RNA。在**研究中,對(duì)新鮮**組織進(jìn)行全基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等,可以深入了解**的基因突變、基因表達(dá)變化等情況。例如,在研究結(jié)直腸*的發(fā)病機(jī)制時(shí),對(duì)手術(shù)切除的結(jié)直腸*組織及其*旁組織進(jìn)行測(cè)序,比較兩者之間的差異,以發(fā)現(xiàn)**相關(guān)的基因變異和表達(dá)調(diào)控異常。
福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織:這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會(huì)有一定程度的損傷和降解,但經(jīng)過(guò)適當(dāng)?shù)奶崛『托迯?fù)處理后,仍然可以用于二代測(cè)序。在回顧性研究中,大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來(lái)。例如,對(duì)多年前保存的乳腺*FFPE組織進(jìn)行測(cè)序,研究乳腺*的疾病進(jìn)展和***反應(yīng)相關(guān)的基因變化。 高通量測(cè)序是二代測(cè)序嗎?
二代測(cè)序——基因組測(cè)序該測(cè)幾個(gè)G?③
基因組測(cè)序所需的測(cè)序量通常用數(shù)據(jù)量來(lái)衡量,一般以 G 為單位,不同的測(cè)序目的和基因組類型所需要的測(cè)序量有所不同。
微生物基因組測(cè)序細(xì)菌基因組:
細(xì)菌基因組
相對(duì)較小,一般在1M-10M之間,測(cè)序深度通常在50X-100X左右,數(shù)據(jù)量在0.05G-1G左右即可滿足基本的基因組組裝和變異檢測(cè)需求。
***基因組:***基因組大小差異較大,從幾M到上百M(fèi)都有。對(duì)于較小的***基因組,測(cè)序深度在30X-50X左右,數(shù)據(jù)量在0.1G-5G之間;而對(duì)于較大的***基因組,可能需要適當(dāng)降低測(cè)序深度至10X-20X,數(shù)據(jù)量在1G-20G左右。 二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于個(gè)性化醫(yī)學(xué)。海南哪里有二代測(cè)序分析
denovo測(cè)序是二代測(cè)序嗎?河北嘉安健達(dá)二代測(cè)序應(yīng)用
不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度
Illumina 測(cè)序平臺(tái):這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一,其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng),能夠滿足大規(guī)?;蚪M學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。
Roche 454 測(cè)序平臺(tái):Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快,其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng),高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測(cè)序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測(cè)序提供了有力支持 河北嘉安健達(dá)二代測(cè)序應(yīng)用