WES測序

局限性

檢測范圍有限：無法檢測外顯子間區(qū)域和非編碼序列區(qū)域的變異，也不能覆蓋整個基因.

對某些變異不敏感：在檢測重復(fù)序列擴(kuò)增、G-富集區(qū)域和GC含量高的區(qū)域等變異時，效果可能不佳.

應(yīng)用

遺傳病診斷與研究：可診斷病因不明的遺傳病，明確致病突變，還能用于產(chǎn)前診斷，輔助家庭生育決策.

**研究：助力**基因突變檢測，為**的早期診斷、***方案制定及預(yù)后評估提供依據(jù).

藥物基因組學(xué)：檢測結(jié)果可指導(dǎo)醫(yī)生選擇靶向藥物或進(jìn)行基因***，實(shí)現(xiàn)精細(xì)醫(yī)療. 二代測序的流程有哪些？天津二代測序流程

二代測序——比較基因組分析（針對多個微生物基因組）：

共線性分析：比較不同微生物基因組之間基因的排列順序和位置關(guān)系。例如，在親緣關(guān)系較近的細(xì)菌菌株之間，大部分基因的排列順序可能是相似的，但可能會有一些基因的插入、缺失或者易位等現(xiàn)象。通過分析共線性，可以了解微生物在進(jìn)化過程中的基因組結(jié)構(gòu)變化。

基因家族分析：確定不同微生物基因組中存在的基因家族?；蚣易迨怯梢唤M具有相似序列和功能的基因組成。例如，在微生物的耐藥基因家族中，不同成員可能具有不同程度的耐藥性相關(guān)功能。通過分析基因家族的擴(kuò)張和收縮情況，可以了解微生物對環(huán)境壓力（如***使用）的適應(yīng)策略。

單核苷酸多態(tài)性（SNP）分析：在重測序項(xiàng)目中，SNP分析是很重要的一部分。SNP是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。通過分析SNP，可以了解微生物在不同環(huán)境或者不同宿主中的遺傳變異情況。例如，在研究傳染病病原體的傳播過程中，SNP分析可以追蹤病原體在不同患者之間的傳播路徑。 江蘇嘉安健達(dá)二代測序運(yùn)用二代測序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。

二代測序應(yīng)用于蛋白組測序的常見方式①？

基于轉(zhuǎn)錄組測序間接推斷蛋白信息

原理：由于蛋白質(zhì)是由mRNA翻譯而來，先利用二代測序技術(shù)對轉(zhuǎn)錄組（主要是mRNA）進(jìn)行高通量測序，獲得基因轉(zhuǎn)錄水平的信息?；谥行姆▌t中mRNA和蛋白質(zhì)的對應(yīng)關(guān)系，在一定程度上可以推測出相應(yīng)蛋白質(zhì)可能的表達(dá)情況。例如，通過分析mRNA的表達(dá)量高低，預(yù)估對應(yīng)蛋白質(zhì)的豐度趨勢。如果某個基因的mRNA在樣本中表達(dá)量很高，那么大概率其翻譯產(chǎn)生的蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)的含量也相對較高，但這只是初步推斷，因?yàn)檫€存在翻譯后調(diào)控等影響因素。

應(yīng)用案例：在研究某種植物在不同生長階段的蛋白表達(dá)變化時，先進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，發(fā)現(xiàn)與光合作用相關(guān)的一些關(guān)鍵基因的mRNA在植物生長旺盛期表達(dá)量***上調(diào)，后續(xù)再通過其他蛋白檢測手段驗(yàn)證到對應(yīng)的光合作用相關(guān)蛋白質(zhì)含量確實(shí)增多，這就體現(xiàn)了通過轉(zhuǎn)錄組測序間接了解蛋白表達(dá)趨勢的可行性。

二代測序的數(shù)據(jù)量

全基因組測序

一般人類全基因組測序，若測序深度為30x-50x，人類基因組大小約3Gb，則數(shù)據(jù)量在90Gb-150Gb之間。如進(jìn)行高深度測序以發(fā)現(xiàn)更多低頻突變等罕見疾病信息，測序深度達(dá)100x以上，數(shù)據(jù)量會超300Gb.

外顯子測序

外顯子總長度約30Mb，占全基因組1%左右，測序深度50x-100x時，數(shù)據(jù)量需1.5Gb-3Gb.

轉(zhuǎn)錄組測序

常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序，基礎(chǔ)基因表達(dá)分析建議20M-30Mreads，數(shù)據(jù)量約5Gb-20Gb；檢測低表達(dá)基因或復(fù)雜轉(zhuǎn)錄本拼裝推薦50M-100Mreads，數(shù)據(jù)量相應(yīng)增加；100Mreads以上屬于高深度測序，適合解析復(fù)雜可變剪切事件和罕見轉(zhuǎn)錄本.長讀長轉(zhuǎn)錄組測序，解析復(fù)雜轉(zhuǎn)錄本推薦數(shù)據(jù)量為5Gb-20Gb，研究全轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性建議單樣本數(shù)據(jù)量>20Gb.

ChIP-seq

轉(zhuǎn)錄因子檢測標(biāo)準(zhǔn)為20M-40Mreads，組蛋白修飾寬譜圖則需要更高測序量. 基于二代測序的罕見疾病診斷將迅速過渡到臨床服務(wù)，其他醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的寶貴案例研究。

常見的二代測序類型①

全基因組測序（WGS）：對生物體整個基因組進(jìn)行測序，涵蓋所有基因、非編碼區(qū)域、調(diào)控區(qū)域等。能***檢測基因組變異，但數(shù)據(jù)量和成本較高，適用于復(fù)雜疾病研究、物種進(jìn)化分析等.

全外顯子組測序（WES）：針對基因組中全部外顯子區(qū)域測序，可快速鑒定基因突變，性價比高，常用于遺傳病診斷、**基因突變檢測等，助力發(fā)現(xiàn)致病基因和潛在***靶點(diǎn).

轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）：對特定細(xì)胞或組織在特定狀態(tài)下的 RNA 轉(zhuǎn)錄情況測序，包括 mRNA、lncRNA、miRNA 等，可檢測基因表達(dá)水平、剪接變異、可變剪接等信息，用于基因表達(dá)調(diào)控研究、疾病標(biāo)志物篩選、藥物研發(fā)等. NGS測序是二代測序嗎？靜安區(qū)二代測序分析

二代測序是2005年以后開始的嗎？天津二代測序流程

二代測序用于蛋白組測序面臨的挑戰(zhàn)

數(shù)據(jù)解讀復(fù)雜性：二代測序產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)量極其龐大，要從中準(zhǔn)確挖掘出與蛋白組實(shí)際情況緊密相關(guān)的有效信息并不容易，需要運(yùn)用復(fù)雜的生物信息學(xué)算法和工具進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、比對、注釋等操作，而且從轉(zhuǎn)錄組信息到準(zhǔn)確推斷蛋白質(zhì)情況還存在諸多不確定因素，比如可變剪接、翻譯后調(diào)控等都會干擾解讀。

定量不準(zhǔn)確問題：雖然能通過轉(zhuǎn)錄組測序推測蛋白表達(dá)量趨勢，但這種定量并非直接對蛋白質(zhì)本身的精確測定，與實(shí)際蛋白質(zhì)的真實(shí)含量存在偏差，而且不同樣本間、不同實(shí)驗(yàn)批次間的轉(zhuǎn)錄組定量數(shù)據(jù)的穩(wěn)定性和可比性也有待進(jìn)一步提升，難以像專門的蛋白定量技術(shù)那樣精細(xì)反映蛋白量的變化。 天津二代測序流程