PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的高GC含量PCR(GC-richPCR)介紹:具有高GC含量(>65%)的模板由于G和C堿基間的強(qiáng)氫鍵影響,比較難以擴(kuò)增。高GC含量序列同時(shí)也涉及二級結(jié)構(gòu)。因此,高GC含量序列可使DNA聚合酶在擴(kuò)增時(shí)卡住,從而影響了DNA的合成。為了擴(kuò)增高GC含量片段,雙鏈模板必須分離,以便引物結(jié)合及DNA聚合酶讀取序列。為了克服強(qiáng)GC相互作用,較常用的方法是依靠PCR添加劑或共溶劑來幫助DNA變性(圖6A),如DMSO。這些試劑通常會降低引物的Tm,所以退火溫度也需做相應(yīng)的調(diào)整。高合成能力的DNA聚合酶由于其與模板的強(qiáng)結(jié)合能力,有助于高GC含量模板的PCR擴(kuò)增(圖6B)。高熱穩(wěn)定性DNA聚合酶也有益于高GC含量PCR擴(kuò)增,因?yàn)楦叩淖冃詼囟龋ㄈ?8℃代替95℃)可促進(jìn)解鏈和PCR擴(kuò)增。pcr檢測實(shí)驗(yàn)有哪些分類?安徽推薦pcr原理
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的5’RACE-PCR介紹:利用mRNA的3‘末端的poly(A)尾巴作為一個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn),以O(shè)ligo(dT)30MN作為鎖定引物在反轉(zhuǎn)錄酶MMLV作用下,反轉(zhuǎn)錄合成標(biāo)準(zhǔn)一號鏈cDNA.利用該反轉(zhuǎn)錄酶具有的末端轉(zhuǎn)移酶活性,在反轉(zhuǎn)錄達(dá)到一號鏈的5‘末端時(shí)自動(dòng)加上3一5個(gè)(dC)殘基,退火后(dC)殘基與含有SMART寡核苷酸序列Oliogo(dG)通用接頭引物配對后,轉(zhuǎn)換為以SMART序列為模板繼續(xù)延伸而連上通用接頭(figure2)。然后用一個(gè)含有部分接頭序列的通用引物UPM(universalprimer,UPM)作為上游引物,用一個(gè)基因特異引物2(GSP2genespecificprimer,GSP)作為下游引物,以SMART一號鏈cDNA為模板,進(jìn)行PCR循環(huán),把目的基因5‘末端的cDNA的片段擴(kuò)增出來。比較終,從2個(gè)有相互重疊序列的3'/5‘-RACE產(chǎn)物中獲得全長cDNA,或者通過分析RACE產(chǎn)物的3‘和5‘端序列,合成相應(yīng)引物擴(kuò)增出全長cDNA.四川推薦pcr怎么樣簡述熒光定量pcr的基本原理。
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中cDNA第二鏈的合成方法有以下幾種:1、自身引導(dǎo)法合成的單鏈cDNA3'端能夠形成一短的發(fā)夾結(jié)構(gòu),這就為第二鏈的合成提供了現(xiàn)成的引物,當(dāng)***鏈合成反應(yīng)產(chǎn)物的DNA:RNA雜交鏈變性后利用大腸桿菌DNA聚合酶ⅠKlenow片段或反轉(zhuǎn)錄酶合成cDNA第二鏈,***用對單鏈特異性的S1核酸酶消化該環(huán),即可進(jìn)一步克隆。但自身引導(dǎo)合成法較難控制反應(yīng),而且用S1核酸酶切割發(fā)夾結(jié)構(gòu)時(shí)無一例外地將導(dǎo)致對應(yīng)于mRNA5'端序列出現(xiàn)缺失和重排,因而該方法目前很少使用。2、置換合成法該方法利用鏈在反轉(zhuǎn)錄酶作用下產(chǎn)生的cDNA:mRNA雜交鏈不用堿變性,而是在dNTP存在下,利用RNA酶H在雜交鏈的mRNA鏈上造成切口和缺口。從而產(chǎn)生一系列RNA引物,使之成為合成第二鏈的引物,在大腸桿菌DNA聚合酶Ⅰ的作用下合成第二鏈。該反應(yīng)有3個(gè)主要優(yōu)點(diǎn):(1)非常有效;(2)直接利用鏈反應(yīng)產(chǎn)物,無須進(jìn)一步處理和純化;(3)不必使用S1核酸酶來切割雙鏈cDNA中的單鏈發(fā)夾環(huán)。
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的定量PCR介紹:由于序列擴(kuò)增的產(chǎn)量依賴于模板DNA的量,所以PCR常用于對樣品中DNA進(jìn)行定量,常用的應(yīng)用是基因表達(dá)的定量。終點(diǎn)法PCR是一種可能的方法,但其有較大的缺點(diǎn),通過凝膠電泳來檢測產(chǎn)量,檢測的靈敏度非常有限。更重要的是,使用終點(diǎn)PCR是在PCR反應(yīng)結(jié)束后進(jìn)行定量,此時(shí)擴(kuò)增已經(jīng)達(dá)到平臺期,DNA凝膠染色的強(qiáng)度與DNA起始量不成線性關(guān)系。盡管如此,通過終點(diǎn)法PCR可以對基因表達(dá)進(jìn)行半定量,可以使用一系列稀釋程度不同的DNA樣本作為模板起始量,或者在特定的PCR循環(huán)處獲取擴(kuò)增產(chǎn)物,然后通過凝膠顯色強(qiáng)度來估計(jì)基因的表達(dá)量。熒光定量pcr和實(shí)時(shí)定量pcr的區(qū)別?
PCR由變性--退火--延伸三個(gè)基本反應(yīng)步驟構(gòu)成:
1、模板DNA的變性:模板DNA經(jīng)加熱至93℃左右一定時(shí)間后,使模板DNA雙鏈或經(jīng)PCR擴(kuò)增形成的雙鏈DNA解離,使之成為單鏈,以便它與引物結(jié)合,為下輪反應(yīng)作準(zhǔn)備。
2、模板DNA與引物的退火(復(fù)性):模板DNA經(jīng)加熱變性成單鏈后,溫度降至55℃左右,引物與模板DNA單鏈的互補(bǔ)序列配對結(jié)合。3、引物的延伸:DNA模板--引物結(jié)合物在72℃、DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶)的作用下,以dNTP為反應(yīng)原料,靶序列為模板,按堿基互補(bǔ)配對與半保留復(fù)制原理,合成一條新的與模板DNA鏈互補(bǔ)的半保留復(fù)制鏈。重復(fù)循環(huán)變性--退火--延伸三過程就可獲得更多的“半保留復(fù)制鏈”,而且這種新鏈又可成為下次循環(huán)的模板。每完成一個(gè)循環(huán)需2~4分鐘,2~3小時(shí)就能將待擴(kuò)目的基因擴(kuò)增放大幾百萬倍 英瀚斯生物pcr檢測,保證真實(shí)實(shí)驗(yàn)檢測,數(shù)據(jù)保密完整性。黑龍江有哪些pcr原理
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原位PCR就是在組織細(xì)胞里進(jìn)行PCR反應(yīng),它結(jié)合了具有細(xì)胞定位能力的原位雜交和高度特異敏感的PCR技術(shù)的優(yōu)點(diǎn),是細(xì)胞學(xué)科研與臨床診斷領(lǐng)域里的一項(xiàng)有較大潛力的新技術(shù)。原位PCR是Hasse等于1990年建立的,實(shí)驗(yàn)用的標(biāo)本是新鮮組織、石蠟包埋組織、脫落細(xì)胞、血細(xì)胞等。其基本方法為:1、固定組織或細(xì)胞:將組織細(xì)胞固定于預(yù)先用四氟乙烯包被的玻片上,并用多聚甲醛處理,再滅活除去細(xì)胞內(nèi)源性過氧化物酶。2、蛋白酶K消化處理:用60ug/ml的蛋白酶K將固定好的組織細(xì)胞片55℃消化處理2h后,96℃2min以滅活蛋白酶K。3、PCR擴(kuò)增:在組織細(xì)胞片上,加PCR反應(yīng)液,覆蓋并加液體石蠟后,直接放在擴(kuò)增儀的金屬板上,進(jìn)行PCR循環(huán)擴(kuò)增。有的基因擴(kuò)增儀帶有專門用于原位PCR的裝置。4、雜交:PCR擴(kuò)增結(jié)束后,用標(biāo)記的寡核苷酸探針進(jìn)行原位雜交。5、顯微鏡觀察結(jié)果。安徽推薦pcr原理
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