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來源: 發(fā)布時間:2024-06-09

ChIP實驗的基本步驟包括:
1. 交聯(lián)(Crosslinking):細胞被甲醛等交聯(lián)劑處理,使得蛋白質和DNA之間的相互作用被固定,形成穩(wěn)定的蛋白質-DNA復合物。
2. 細胞裂解:裂解細胞,釋放染色質,同時保持蛋白質-DNA復合物的完整性。
3. 超聲或酶解:通過超聲或酶解將染色質切割成較小的片段,以便于后續(xù)步驟中的免疫沉淀。
4. 免疫沉淀(Immunoprecipitation):加入針對特定組蛋白修飾或轉錄因子的抗體,這些抗體會特異性地結合到目標蛋白質上。
5. 捕獲復合物:使用蛋白A或蛋白G結合的珠子捕獲抗體-蛋白質-DNA復合物。
6. 洗滌:洗滌珠子以去除未特異性結合的蛋白質和DNA片段。
7. 逆轉錄交聯(lián):將捕獲的復合物從珠子上洗脫,并進行逆轉錄交聯(lián),使固定的蛋白質-DNA復合物分離。
8. DNA純化:純化從免疫沉淀中得到的DNA片段。
9. 分析:通過qPCR、芯片分析(ChIP-chip)或高通量測序(ChIP-seq)等方法分析沉淀的DNA片段,以確定特定蛋白質在基因組上的結合位點。
免疫沉淀技術IP的實驗設計。蘇州ChIP免疫沉淀磁珠現(xiàn)貨

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Co-IP(免疫共沉淀)技術主要用于研究蛋白質之間的相互作用,其實驗設計如下:
1. 樣品準備:Co-IP實驗通常有兩種,一種是內源性蛋白相互作用驗證,一種是非內源性蛋白相互作用驗證。內源性相互作用通過質粒共轉染的方式將兩種蛋白轉染至同一細胞內表達;非內源性相互作用則是將含有靶蛋白的組織進行預處理及細胞裂解獲得細胞裂解液。
2. 沉淀誘餌蛋白:利用磁珠偶聯(lián)抗體沉淀誘餌蛋白。在樣品中加入磁珠偶聯(lián)抗體,抗體會與誘餌蛋白結合,利用磁鐵將磁珠拉下,同時誘餌蛋白會一起被沉淀出來。
3. SDS-PAGE及WB檢測:得到沉淀后,需要驗證沉淀中是否存在相互作用蛋白。先利用SDS-PAGE將蛋白復合物分離,隨后利用WB檢測是否存在靶蛋白。
4. 實驗對照設置:為了避免“假陽性”,需要設置正確的對照,包括陰性對照和陽性對照(Input組)。Input組為直接利用抗體對細胞裂解液進行WB檢測,驗證細胞裂解液中存在蛋白。
5. 結果真實性:確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的,而并非外源非特異蛋白。使用單克隆抗體有助于避免污染的發(fā)生。
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免疫沉淀技術RIP(RNA Immunoprecipitation,RNA免疫沉淀)是一種用于研究細胞內RNA與蛋白質相互作用的技術。RIP技術可以幫助我們了解轉錄后調控網絡的動態(tài)過程,并發(fā)現(xiàn)miRNA等非編碼RNA的調節(jié)靶點。
RIP技術的原理是利用針對特定RNA結合蛋白的抗體,將細胞內的RNA-蛋白質復合物沉淀下來。然后,可以通過分離純化,對這些復合物中的RNA進行檢測,如qPCR驗證或測序分析。
表觀遺傳學和RNA生物學領域對不同RNA作用和功能的關注增加。RNA-蛋白質相互作用能夠調控mRNA和非編碼RNA的功能。對RNA潛能的這一新認識帶動了新方法的發(fā)展,使研究人員能夠定位 RNA-蛋白質相互作用。

免疫沉淀Co-IP實驗中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實驗情況。
瓊脂糖珠海綿狀的結構  (直徑 50-150 μm)  可以結合抗體  (繼而結合靶蛋白) ,它能夠直接高效、快速結合抗體,而不需借助特殊的專業(yè)設備。瓊脂糖珠呈多孔結構,這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質相互接觸,具有更高的結合載量。
與瓊脂糖珠不同,磁珠是固體,抗體的結合限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ,盡管磁珠沒有多孔中心增加結合能力,但每體積的磁珠數(shù)量比瓊脂糖珠多,使磁珠擁有足夠的抗體結合表面積滿足高容量的抗體結合。
簡而言之,瓊脂糖珠的結合能力較強,而磁珠在得率,可重復性以及自動化方面有明顯的優(yōu)勢。
免疫沉淀RIP技術選瓊脂糖珠還是磁珠?

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免疫沉淀技術(Immunoprecipitation, IP)的實驗方法通常包括以下步驟:
1. 樣本準備
2. 蛋白質濃度測定:使用BCA、Bradford或Lowry等方法測定裂解液中蛋白質的濃度。
3. 抗體預處理:如果使用預固定的抗體,需先將抗體固定在固相支持物上,如瓊脂糖珠或磁性微珠。
4. 免疫沉淀反應:將裂解液與特異性抗體(固定或未固定)混合,并在4°C下緩慢搖晃孵育過夜,以允許抗體與目標蛋白質充分結合。
5. 固相支持物的回收:對于未固定的抗體,加入與抗體特異性結合的蛋白A或蛋白G結合的固相支持物。
6. 洗滌:去除未結合的蛋白質和雜質,通常需要多次洗滌固相支持物。
7. 洗脫:使用適當?shù)南疵摼彌_液(如加熱的SDS加載緩沖液或酸性緩沖液)從固相支持物上洗脫免疫復合物。
8. 后續(xù)分析:對洗脫的蛋白質進行SDS-PAGE電泳、Western Blot、質譜分析等,以進一步分析目標蛋白質。
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免疫沉淀技術的綜述。蘇州ChIP免疫沉淀磁珠現(xiàn)貨

ChIP(染色質免疫沉淀)實驗是一種強大的技術,用于研究蛋白質與DNA之間的相互作用,尤其是在轉錄調控、DNA修復、復制以及表觀遺傳學領域。然而,像所有實驗技術一樣,ChIP實驗也有其優(yōu)點和缺點。
ChIP實驗的優(yōu)點:
1. 體內反應的反映:ChIP提供了一種在體內研究蛋白質與DNA相互作用的方法,能夠真實、完整地反映結合在DNA序列上的靶蛋白的調控信息。
2. 全基因組覆蓋:ChIP技術可以覆蓋整個基因組,提供關于蛋白質-DNA相互作用的視圖。
3. 適用于多種蛋白質:ChIP可以用來研究組蛋白修飾、轉錄因子以及其他DNA結合蛋白。
ChIP實驗的缺點:
1. 實驗步驟繁瑣。
2. 需要大量起始材料:ChIP實驗通常需要大量的細胞或組織作為起始材料。
3. 交聯(lián)的影響:使用交聯(lián)劑可能會改變蛋白質的結構,從而影響抗體的識別和蛋白質-DNA的相互作用。
4. 染色質碎裂的分辨率:染色質碎裂的效率和分辨率直接影響ChIP的準確性,需要優(yōu)化以獲得結果。
5. 抗體質量:抗體的質量對實驗結果至關重要,但高質量、特異性強的抗體可能難以獲得或成本較高。
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