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上海Protein AG免疫沉淀磁珠應(yīng)用

來源： 發(fā)布時間：2024-07-22

RIP 技術(shù)的原理（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA 結(jié)合蛋白免疫沉淀）主要是運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA 進行q-PCR驗證或者測序分析。

RIP 是研究細胞內(nèi)RNA 與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗不太相同，如：RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體不能含有RNA酶，抗體需經(jīng)RIP實驗驗證等等。
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RNA免疫沉淀技術(shù)（RIP）是一種研究RNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要方法，其應(yīng)用領(lǐng)域主要包括：
1. 轉(zhuǎn)錄后調(diào)控研究：RIP技術(shù)可以幫助研究者了解RNA在轉(zhuǎn)錄后水平如何被調(diào)控。
2. 表觀遺傳調(diào)控：RIP技術(shù)用于研究RNA結(jié)合蛋白（RBPs）在表觀遺傳調(diào)控中的作用。
3. 非編碼RNA功能研究：RIP技術(shù)可以用來研究長非編碼RNA（lncRNA）、miRNA和其他小RNA的種類，以及它們?nèi)绾闻c蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)控基因表達。
4. RNA病毒研究：RIP技術(shù)也可用于研究RNA病毒與其宿主細胞內(nèi)蛋白質(zhì)的相互作用，進而了解病毒復(fù)制和致病機制。
5. RNA修飾和甲基化研究：RIP技術(shù)結(jié)合其他技術(shù)如m5C-RIP-seq，可用于研究RNA甲基化修飾及其在病理過程中的作用。
6. RNA定位和穩(wěn)定性：通過RIP技術(shù)，研究者可以探索特定RNA在細胞內(nèi)的定位以及它們?nèi)绾伪环€(wěn)定或降解。
7. RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的鑒定：RIP技術(shù)可以用來鑒定與特定RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)，從而揭示RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的組成。
8. 疾病相關(guān)RNA研究：RIP技術(shù)在疾病相關(guān)RNA的研究中也有應(yīng)用。
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免疫沉淀技術(shù)（Immunoprecipitation, IP）是一種用于研究蛋白質(zhì)相互作用和純化特定蛋白質(zhì)的實驗方法。
優(yōu)點:
1. 特異性強：利用特異性抗體捕獲目標(biāo)蛋白，可以有效地從復(fù)雜的生物樣本中分離出感興趣的蛋白質(zhì)。
2. 靈敏度高：可以檢測到低豐度的蛋白質(zhì)，包括瞬態(tài)或弱相互作用的蛋白質(zhì)復(fù)合物。
3. 應(yīng)用范圍廣：適用于多種生物樣本，如細胞裂解物、組織提取物和生物流體。
4. 生物學(xué)洞察深入：能夠揭示蛋白質(zhì)之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)，有助于理解細胞內(nèi)的信號傳遞和調(diào)控機制。
5. 可與其他技術(shù)聯(lián)用：如與質(zhì)譜（IP-MS）聯(lián)用，可以準(zhǔn)確鑒定蛋白質(zhì)及其相互作用伙伴。
缺點:
1. 對抗體依賴性高：需要高親和力和高特異性的抗體，抗體的質(zhì)量直接影響實驗結(jié)果。
2. 可能存在非特異性結(jié)合：樣本中的其他蛋白質(zhì)可能與抗體或固相支持物發(fā)生非特異性結(jié)合，導(dǎo)致背景噪音。
3. 可能影響蛋白質(zhì)的天然狀態(tài)：裂解和沉淀過程可能會改變蛋白質(zhì)的構(gòu)象和功能。
4. 實驗重復(fù)性：需要多次實驗來確保結(jié)果的可重復(fù)性和可靠性。
5. 樣品處理：需要避免樣品降解和非特異性結(jié)合，這可能需要使用蛋白酶抑制劑和適當(dāng)?shù)木彌_液條件。

免疫沉淀技術(shù)（Immunoprecipitation, IP）的實驗步驟通常包括以下幾個關(guān)鍵環(huán)節(jié)：
1. 細胞裂解：首先需要收集細胞并裂解它們，以釋放細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)。這通常通過添加含有蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液來完成，以防止蛋白質(zhì)降解。
2. 裂解物上清：裂解后的細胞混合物通常需要通過離心來去除未破碎的細胞碎片和未裂解的細胞，從而獲得上清。
3. 抗體的添加：將特定于目標(biāo)蛋白的抗體加入到裂解物中。這些抗體將特異性地結(jié)合到目標(biāo)蛋白上。
4. 免疫復(fù)合物的形成：抗體與目標(biāo)蛋白結(jié)合形成免疫復(fù)合物。
5. 免疫復(fù)合物的捕獲：使用Protein A/G結(jié)合的磁珠來捕獲免疫復(fù)合物。
6. 洗滌：捕獲免疫復(fù)合物后，需要用裂解/洗滌緩沖液多次洗滌，以去除未結(jié)合的蛋白質(zhì)和其他污染物。
7. 洗脫：免疫復(fù)合物可以通過加入SDS樣品緩沖液進行洗脫，這將導(dǎo)致抗體和抗原變性并從珠子上釋放下來，或者使用低pH緩沖液進行溫和洗脫，以保持蛋白質(zhì)的天然構(gòu)象。
8. 分析：洗脫后的樣品可以通過SDS-PAGE凝膠電泳、Western blot等方法進行分析，以驗證目標(biāo)蛋白的存在和狀態(tài)。
免疫沉淀技術(shù)Co-IP的原理是什么？

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Co-IP（免疫共沉淀）技術(shù)主要用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用，其實驗設(shè)計如下：
1. 樣品準(zhǔn)備：Co-IP實驗通常有兩種，一種是內(nèi)源性蛋白相互作用驗證，一種是非內(nèi)源性蛋白相互作用驗證。內(nèi)源性相互作用通過質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染的方式將兩種蛋白轉(zhuǎn)染至同一細胞內(nèi)表達；非內(nèi)源性相互作用則是將含有靶蛋白的組織進行預(yù)處理及細胞裂解獲得細胞裂解液。
2. 沉淀誘餌蛋白：利用磁珠偶聯(lián)抗體沉淀誘餌蛋白。在樣品中加入磁珠偶聯(lián)抗體，抗體會與誘餌蛋白結(jié)合，利用磁鐵將磁珠拉下，同時誘餌蛋白會一起被沉淀出來。
3. SDS-PAGE及WB檢測：得到沉淀后，需要驗證沉淀中是否存在相互作用蛋白。先利用SDS-PAGE將蛋白復(fù)合物分離，隨后利用WB檢測是否存在靶蛋白。
4. 實驗對照設(shè)置：為了避免“假陽性”，需要設(shè)置正確的對照，包括陰性對照和陽性對照（Input組）。Input組為直接利用抗體對細胞裂解液進行WB檢測，驗證細胞裂解液中存在蛋白。
5. 結(jié)果真實性：確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白。使用單克隆抗體有助于避免污染的發(fā)生。
免疫沉淀技術(shù)RIP的優(yōu)缺點是什么？蘇州Protein AG免疫沉淀選磁珠還是瓊脂糖珠

免疫沉淀ChIP技術(shù)選瓊脂糖珠還是磁珠？上海Protein AG免疫沉淀磁珠應(yīng)用

免疫沉淀純化所得抗原純度低一般有多種原因：
1. 非特異性蛋白污染
如果洗脫所得抗原純度較低，則有幾種方法可以進行優(yōu)化。在結(jié)合或洗滌緩沖液中加入去污劑或其他可以降低非特異性結(jié)合的組分。使用普通微珠預(yù)純化樣本還可以降低非目標(biāo)分子的共純化。此外，還可以使用無關(guān)蛋白 (如BSA) 封閉微珠 。
2. 抗體污染
使用蛋白A、G或A/G的經(jīng)典免疫沉淀實驗中會出現(xiàn)抗體與抗原共洗脫的情況。如果共洗脫會影響下游分析，則需要使用抗體通過共價連接固定至微珠的方法進行實驗，如Pierce 直接 IP 或交聯(lián) IP 的形式。
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標(biāo)簽： 免疫沉淀 支原體