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目前鼓潤已掌握了該項技術(shù),簡述如下:1、CRISPR與dsODNtag整合的實驗技術(shù)及高通量測序建庫流程將靶向于目標基因組位點的CRISPR質(zhì)粒與dsODNtag以核電轉(zhuǎn)的方式同時轉(zhuǎn)染入真核細胞,CRISPR造成基因組雙鏈斷裂后,dsODNtag將整合入斷點處,作為后續(xù)分析在靶與脫靶情況的標記。轉(zhuǎn)染后3天收集細胞的DNA進行高通量建庫。2、GUIDE-seq生信分析方法1)搭建了高通量測序的數(shù)據(jù)分析流程。2)利用該技術(shù)分析了CRISPR靶向編輯某細胞系基因的在靶與脫靶情況。其中一例樣品的分析結(jié)果如圖4所示:Sequencesofoff-targetsitesidentifiedbyGUIDE-seq.Theintendedtargetsequenceisshowninthetoplinewithcleavedsitesshownunderneathandwithmismatchestotheon-targetsiteshownandhighlightedincolor.GUIDE-seqsequencingreadcountsareshowntotherightofeachsite.3)利用PCR擴增技術(shù)聯(lián)合Sanger測序鑒定了分析出的脫靶位點。脫靶檢測CRO,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準確率高。南京育種脫靶檢測安評
通常不需要進行標準的遺傳毒性組合試驗,但應根據(jù)基因zhiliao產(chǎn)品的特點、產(chǎn)品的具體適應癥、載體的已有信息、導入基因序列結(jié)構(gòu)等,評估基因zhiliao產(chǎn)品整合進基因組的可能性,判斷是否需要開展另外的遺傳毒性研究,如研究基因組修飾的發(fā)生情況,并檢測隨后可能發(fā)生的異常細胞行為;評估插入突變(插入位點、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風險。當基因zhiliao產(chǎn)品采用基因編輯或轉(zhuǎn)座子技術(shù)時,需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問題;鑒定/表征基因組整合位點。浙江基因編輯技術(shù)脫靶檢測方法crispr/cas9脫靶檢測,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準確率高。
細胞外檢測方法:細胞外檢測方法較為直接,將基因組提純后進行CRISPR體外切割實驗,再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細胞外脫靶位點檢測方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經(jīng)過標準的全基因組測序流程獲得測序數(shù)據(jù),之后需要較為復雜的生物信息學分析才能夠獲得CRISPR切割位點的信息??傮w來講,這種方法測序成本較高,并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點,一般需要在建庫時定向捕獲CRISPR切割位點。SITE-seq就是這樣一種測序方法,提純的基因組DNA經(jīng)過Cas9/sgRNA切割后,在切割位點末端連接帶Biotin的接頭;再隨機打斷基因組,在另一端連接第二個接頭;經(jīng)過鏈霉親和素磁珠純化,只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序,實現(xiàn)了CRISPR切割位點的富集。該方法雖然提高了脫靶位點的檢測靈敏度,但有著較高的實驗要求,每次需要投入大量的基因組DNA,并且無法區(qū)分提純基因組DNA時發(fā)生的隨機斷裂和Cas9的切割,導致產(chǎn)出較為明顯的背景信號。同時,由于一輪Biotin接頭只會接在Cas9切割位點的一側(cè),導致測序結(jié)果里只能看到脫靶位點一側(cè)的序列。
基因zhiliao產(chǎn)品特有的可能會引起遲發(fā)性不良反應的風險因素包括:基因組整合活性基因zhiliao產(chǎn)品可能會采用修飾宿主基因組的技術(shù),并有可能在宿主細胞或組織中持續(xù)存在。很多基因zhiliao載體的基因整合不會指向基因組的特定位點,可能在整合位點處產(chǎn)生插入突變、或jihuo整合位點附近的原基因等,進而破壞重要基因功能或增加惡性liu的風險,例如,國外已有多項研究報告在接受了使用γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒載體轉(zhuǎn)導的基因修飾細胞zhiliao的受試者中發(fā)生白血病。因此,對于存在此類風險的產(chǎn)品,有必要進行長期隨訪臨床研究以評估出現(xiàn)遲發(fā)不良反應的風險??梢耘c靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達,即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應。
近幾年,細胞和基因zhiliao(cell & gene therapy,CGT)領(lǐng)域發(fā)展迅猛,在多個方向取得了重大突破,以anti-CD19和BCMA為代的多種CAR-T免疫細胞療法攻克了一部分血液瘤,多種AAV療法也給一些難以成藥的罕見病提供了有效的zhiliao方案。另一方面,基于CRISPR基因編輯技術(shù)的眾多基因療法也進展迅速,較早體外基因編輯療法較快今年年底能夠上市(CRISPR Therapeutics CTX001),體內(nèi)基因編輯療法取得了不錯的臨床數(shù)據(jù)(Intellia Therapeutics NTLA-2001),使用CRISPR技術(shù)制造的通用型CAR-T療法也是免疫細胞療法發(fā)展的一大趨勢(Caribou Biosciences CB-010)。種子基因脫靶檢測,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準確率高。武漢定量脫靶檢測CRO
挑選前面的潛在脫靶位點,通過PCR測序驗證是否脫靶。南京育種脫靶檢測安評
脫靶來自于這些技術(shù)所攜帶的功能基團,如堿基編輯的脫氨酶和先導編輯的逆轉(zhuǎn)錄酶,不依賴sgRNA結(jié)合基因組DNA的情況下產(chǎn)生的脫靶。為檢測第二類脫靶現(xiàn)象,研究者需要針對每種技術(shù)設(shè)計專門的檢測方法。1) R-loop seq在堿基編輯開發(fā)早期,雖然靶位點的編輯效率很高,但研究者也很快發(fā)現(xiàn)脫氨酶會在游離的時候隨機修飾暴露的DNA單鏈,導致大量的脫靶位點。為降低這類脫靶現(xiàn)象的發(fā)生,研究者設(shè)計了R-loop seq,以dSaCas9結(jié)合DNA形成R-loop,暴露出DNA單鏈,為堿基編輯的脫氨酶提供一個固定的脫靶位點,然后以該位點的編輯效率反映堿基編輯脫氨酶的脫靶程度。南京育種脫靶檢測安評