聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)：Taq(水生棲熱菌)聚合酶耐熱DNA聚合酶的很好活性溫度約為75-80°C(167-176°F),盡管該酶通常使用72°C(162°F)的溫度。在該步驟中，DNA聚合酶通過(guò)從反應(yīng)混合物中添加在5’-至-3’方向上與模板互補(bǔ)的游離DNA鏈來(lái)合成與DNA模板鏈互補(bǔ)的新DNA鏈，在新生(伸長(zhǎng))DNA鏈的末端，將dNTPs的5'-磷酸基與3'-羥基縮合。延伸所需的精確時(shí)間取決于所使用的DNA聚合酶和要擴(kuò)增的DNA目標(biāo)區(qū)域的長(zhǎng)度。根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，在很好溫度下，大多數(shù)DNA聚合酶每分鐘聚合一千個(gè)堿基。在很好條件下(即，如果沒(méi)有限制底物或試劑的限制)，在每個(gè)延伸/延伸步驟中，DNA靶序列的數(shù)量加倍。隨著每一個(gè)連續(xù)的循環(huán)，原始模板鏈加上所有新產(chǎn)生的鏈成為下一輪延伸的模板鏈，導(dǎo)致特定DNA目標(biāo)區(qū)域的指數(shù)(幾何)擴(kuò)增。流聚合酶鏈反應(yīng)將溶液置于熱梯度下，而不是反復(fù)加熱和冷卻聚合酶鏈反應(yīng)混合物。蘇州分子生物學(xué)熒光定量PCR網(wǎng)站

聚合酶鏈反應(yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題分析與解決方法：PCR產(chǎn)物量過(guò)少：退火溫度不合適。以2度為梯度設(shè)計(jì)梯度PCR反應(yīng)優(yōu)化退火溫度。DNA模板量太少。增加DNA模板量。PCR循環(huán)數(shù)不足。增加反應(yīng)循環(huán)數(shù)。引物量不足。增加體系中引物含量。延伸時(shí)間太短。以1 kb/min的原則設(shè)置延伸時(shí)間。變性時(shí)間過(guò)長(zhǎng)。變性時(shí)間過(guò)長(zhǎng)會(huì)導(dǎo)致DNA聚合酶失活。DNA模板中存在抑制劑。確保DNA模板干凈。擴(kuò)增產(chǎn)物在凝膠中涂布或成片狀條帶彌散：酶量過(guò)高。減少酶量；酶的質(zhì)量差，調(diào)換另一來(lái)源的酶。dNTP濃度過(guò)高。減少dNTP的濃度。無(wú)錫細(xì)胞RT-PCR檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù)聚合酶鏈反應(yīng)非常敏感，有可能產(chǎn)生數(shù)百萬(wàn)到數(shù)十億份特定產(chǎn)品的拷貝，用于測(cè)序、克隆和分析。

聚合酶鏈反應(yīng)：嵌套聚合酶鏈反應(yīng):通過(guò)減少DNA非特異性擴(kuò)增的背景，提高DNA擴(kuò)增的特異性。兩組引物用于兩個(gè)連續(xù)的PCR。在個(gè)反應(yīng)中，一對(duì)引物用于產(chǎn)生DNA產(chǎn)物，除了預(yù)期的靶之外，該產(chǎn)物可能仍然由非特異性擴(kuò)增的DN段組成。然后用一組引物將產(chǎn)物用于第二次聚合酶鏈反應(yīng)，所述引物的結(jié)合位點(diǎn)完全或部分不同于次反應(yīng)中使用的每個(gè)引物，并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴(kuò)增長(zhǎng)DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功，但它需要更詳細(xì)的目標(biāo)序列知識(shí)。重疊延伸聚合酶鏈反應(yīng)或者通過(guò)重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個(gè)或多個(gè)含有互補(bǔ)序列的DN段拼接在一起的基因工程技術(shù)。它用于連接含有基因、調(diào)節(jié)序列或突變的DN段；這項(xiàng)技術(shù)可以創(chuàng)造特定的長(zhǎng)DNA構(gòu)建體。它還可以將缺失、插入或點(diǎn)突變引入DNA序列。

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)：因?yàn)镻CR擴(kuò)增了目的DNA區(qū)域，所以PCR可以用于分析極少量的樣品。這對(duì)于法醫(yī)檢定法，當(dāng)時(shí)只有微量的DNA可作為證據(jù)。聚合酶鏈反應(yīng)也可用于分析古代DNA那已經(jīng)有數(shù)萬(wàn)年的歷史了。這些基于聚合酶鏈反應(yīng)的技術(shù)已經(jīng)成功地應(yīng)用于動(dòng)物身上，例如四萬(wàn)年前猛犸，以及人類DNA，應(yīng)用范圍從分析埃及木乃伊識(shí)別一個(gè)俄羅斯沙皇和英國(guó)國(guó)王理查三世遺體的鑒定。定量聚合酶鏈反應(yīng)或者實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)不要與逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)方法混淆)允許估計(jì)樣品中存在的給定序列的量——這種技術(shù)通常用于定量確定基因表達(dá)的水平。定量PCR是一種已建立的DNA定量工具，用于測(cè)量每輪PCR擴(kuò)增后DNA產(chǎn)物的積累。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的特異性依賴于與靶序列兩端互補(bǔ)的寡核苷酸引物。

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題：PCR產(chǎn)物的電泳檢測(cè)時(shí)間一般為48h以內(nèi)，有些很好于當(dāng)日電泳檢測(cè)，大于48h后帶型不規(guī)則甚至消失。假陰性：不出現(xiàn)擴(kuò)增條帶。PCR反應(yīng)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)有模板核酸的制備，引物的質(zhì)量與特異性，酶的質(zhì)量及溴乙錠的使用， PCR循環(huán)條件。尋找原因亦應(yīng)針對(duì)上述環(huán)節(jié)進(jìn)行分析研究。模板：模板中含有雜蛋白質(zhì)，模板中含有Taq酶抑制劑，模板中蛋白質(zhì)沒(méi)有消化除凈，特別是染色體中的組蛋白，在提取制備模板時(shí)丟失過(guò)多，或吸入酚。模板核酸變性不徹底。在酶和引物質(zhì)量好時(shí)，不出現(xiàn)擴(kuò)增帶，極有可能是標(biāo)本的消化處理，模板核酸提取過(guò)程出了毛病，因而要配制有效而穩(wěn)定的消化處理液，其程序亦應(yīng) 固定不宜隨意更改。聚合酶鏈反應(yīng)具有定量合成產(chǎn)物的優(yōu)點(diǎn)。廈門(mén)分子生物學(xué)Real-time PCR應(yīng)用

逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)較廣用于表達(dá)譜，以確定基因的表達(dá)或鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的序列。蘇州分子生物學(xué)熒光定量PCR網(wǎng)站

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題：出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增帶：PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致，或大或小，或者同時(shí)出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶 與非特異性擴(kuò)增帶。非特異性條帶的出現(xiàn)，其原因：一是引物與靶序列不完全互補(bǔ)、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過(guò)高、退火溫度過(guò)低，及PCR循環(huán)次數(shù)過(guò)多有關(guān)。其次是酶的質(zhì)和量，往往一些來(lái)源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來(lái)源的酶則不出現(xiàn)，酶量過(guò)多有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對(duì)策有：必要時(shí)重新設(shè)計(jì)引 物。減低酶量或調(diào)換另一來(lái)源的酶。降低引物量，適當(dāng)增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。適當(dāng)提高退火溫度或采用二溫度點(diǎn)法（93℃變性，65℃左右退火與延伸）。蘇州分子生物學(xué)熒光定量PCR網(wǎng)站