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南通組織熒光定量PCR研究方案

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2023-04-01

引物的設(shè)計(jì)注意事項(xiàng):1,引物設(shè)計(jì)要跨內(nèi)含子,不能在一個(gè)外顯子上(我們的實(shí)驗(yàn)是以cDNA為模板來(lái)擴(kuò)增的,如果有DNA污染的話,因?yàn)镈NA上含有分子量很大的內(nèi)含子,不可能完成擴(kuò)增。這對(duì)我們消除整個(gè)實(shí)驗(yàn)的誤差起很大的作用)。2,引物設(shè)計(jì)的時(shí)候要盡可能設(shè)計(jì)在同一退火溫度,方便于以后同時(shí)擴(kuò)增很多不同的基因片段。但是如果相差比較大,就得分開做,浪費(fèi)模板,浪費(fèi)管家基因,所以每個(gè)實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)引物的時(shí)候要盡可能一致,這樣就不用每次查退火溫度,且對(duì)整個(gè)實(shí)驗(yàn)有利。許多疾病的未知病因的測(cè)序正在通過聚合酶鏈反應(yīng)得到解決。南通組織熒光定量PCR研究方案

南通組織熒光定量PCR研究方案,Real-timePCR技術(shù)服務(wù)

Real-time PCR雙熒光標(biāo)記探針設(shè)計(jì)原則:具體的其他要求可以具體聯(lián)系設(shè)計(jì)公司,拿到合成好的引物,需要先確認(rèn)引物的性能??梢杂眠@對(duì)引物先擴(kuò)增梯度稀釋后的標(biāo)準(zhǔn)品(標(biāo)準(zhǔn)品介紹見后續(xù)內(nèi)容)。由不同梯度標(biāo)準(zhǔn)品的加量和其對(duì)應(yīng)的Ct值,描繪出一條標(biāo)準(zhǔn)曲線。這里要注意根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線得到的參數(shù)是非常重要的。引物性能確認(rèn):1.決定系數(shù)R2大于0.98,越接近于1,結(jié)果越可靠。2.擴(kuò)增效率一般要求在0.8-1.2,越接近于1,越好。3.檢測(cè)的靈敏度,必須確認(rèn),通常要求35個(gè)循環(huán)以內(nèi),一般可以得到比較好的定量結(jié)果,30個(gè)循環(huán)以內(nèi),沒有非特異性擴(kuò)增產(chǎn)生。4.NTC是必須要確認(rèn)的,通常要求30個(gè)循環(huán)內(nèi)沒有引物二聚體產(chǎn)生。南通組織熒光定量PCR研究方案聚合酶鏈反應(yīng)是是一種簡(jiǎn)單,廉價(jià)和可靠的方法復(fù)制DN段。

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聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)生物學(xué)研究的歷史中占據(jù)了重要的地位。以此為基礎(chǔ)發(fā)展出包括Real-time PCR在內(nèi)的多項(xiàng)應(yīng)用技術(shù)。自誕生后Real-time PCR技術(shù)持續(xù)發(fā)展,從簡(jiǎn)單的增擴(kuò)到整個(gè)PCR過程,Real-time PCR表現(xiàn)出比PCR更敏感、更明確的定量分析特性和對(duì)識(shí)別等位基因的能力。不少人以為real-time就是意味著可以在顯示器上看到每個(gè)循環(huán)增擴(kuò)曲線的增長(zhǎng)。事實(shí)并非如此,早期的軟件不能在運(yùn)行期間提供可視化的增擴(kuò)曲線。主要是因?yàn)镾DS軟件采用整個(gè)平臺(tái)較終的數(shù)據(jù)執(zhí)行數(shù)據(jù)分析工作,而不是分析每個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)循環(huán)。對(duì)某些設(shè)備來(lái)說(shuō),必須向分析軟件提供實(shí)時(shí)的數(shù)據(jù),有些設(shè)備則不需要。前一種設(shè)備允許軟件實(shí)時(shí)跟蹤每個(gè)加樣口的增擴(kuò)曲線,同時(shí)顯示在電腦屏幕上。

Real-time PCR的染料法和探針法的選擇:進(jìn)行mRNA表達(dá)量的測(cè)定,采用染料法是比較經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的;染料法可以通過比較熔解曲線的熔解峰位置得到產(chǎn)物特異性的情況;目的基因和內(nèi)參基因分管檢測(cè),染料法可以選用Realtime染料PCRPreMIX,探針法主要應(yīng)用于病毒RNA的檢測(cè);以及單位點(diǎn)突變(SNP);多基因的合并檢測(cè),探針法還可用于同一個(gè)反應(yīng)中同時(shí)檢測(cè)目的基因和內(nèi)參基因的情況;而染料法則必須分管檢測(cè)。Real-time PCR:實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)(Real-timequantitativePolymeraseChainReaction簡(jiǎn)稱Real-time PCR)是在定性PCR技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)的核酸定量技術(shù)。實(shí)時(shí)熒光定量在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,使每一個(gè)循環(huán)變得“可見”,之后通過Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)樣品中的DNA(orcDNA)的起始濃度進(jìn)行定量的方法。Real-time PCR探針法實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定重複性好,特異性更高。

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Real-time PCR反應(yīng):多重連接依賴探針擴(kuò)增(MLPA):允許用單個(gè)引物對(duì)擴(kuò)增多個(gè)靶標(biāo),從而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶鏈反應(yīng):由單個(gè)PCR混合物中的多個(gè)引物組組成,以產(chǎn)生對(duì)不同DNA序列特異的不同大小的擴(kuò)增子。通過同時(shí)靶向多個(gè)基因,可以從單次測(cè)試中獲得額外的信息,否則將需要幾次試劑和更多時(shí)間來(lái)執(zhí)行。每個(gè)引物組的退火溫度必須優(yōu)化,以在單個(gè)反應(yīng)中正確工作,并符合擴(kuò)增子尺寸。也就是說(shuō),當(dāng)通過凝膠電泳可視化時(shí),它們的堿基對(duì)長(zhǎng)度應(yīng)該足夠不同以形成不同的條帶。Real-time PCR在實(shí)驗(yàn)過程中為了防止非特異性擴(kuò)增,必須設(shè)陰性對(duì)照。南京實(shí)時(shí)Real-time PCR

由于在PCR擴(kuò)增的指數(shù)時(shí)期,模板的Ct值和該模板的起始拷貝數(shù)存在線性關(guān)系,所以成為定量的依據(jù)。南通組織熒光定量PCR研究方案

Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見問題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽(yáng)性:出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致,有時(shí)其條帶更整齊,亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽(yáng)性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。其對(duì)策有:減少酶量,或調(diào)換另一來(lái)源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:PCR所用的酶主要有兩種來(lái)源:Taq和Pfu,分別來(lái)自兩種不同的噬熱菌。南通組織熒光定量PCR研究方案

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