單顆粒冷凍電鏡技術(shù)二維圖像分析——顆粒圖像的匹配與分類:二維顆粒圖像的分類是獲取三維結(jié)構(gòu)過程的第一步。對二維圖像的分析包括兩部分:顆粒圖像的匹配和顆粒圖像的分類。匹配的過程通常會對顆粒圖像應(yīng)用一些變換操作,通過關(guān)聯(lián)函數(shù)去判斷不同顆粒圖像之間的相似程度。圖像匹配的算法主要分為兩種,即不依賴模型的方法和基于模型的方法,取決于是否存在利用樣本先驗信息得到的模板。隨著圖像匹配的完成,顆粒圖像需要進(jìn)行分類。主要利用多元統(tǒng)計分析和主成分分析方法等算法,其他流行的二維顆粒分類技術(shù)還有神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)分類,將圖像在二維空間自組織映射(self-organisingmapping,SOM)再進(jìn)行分類和排序。二維圖像分析的目的是,首先通過圖像匹配消除旋轉(zhuǎn)和平移的誤差,利用類內(nèi)緊致、類間離散的原則進(jìn)行圖像分類,較終可以對類內(nèi)顆粒圖像進(jìn)行平均,提高信噪比,從而實現(xiàn)對高分辨率三維結(jié)構(gòu)的構(gòu)建。冷凍電鏡技術(shù)之冷凍透射電鏡通過對樣品的冷凍,降低電子束對樣品的損傷,從而得到更加真實的樣品形貌。廈門冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)電話
單顆粒冷凍電鏡技術(shù)的圖像處理技術(shù):經(jīng)過多年的發(fā)展,目前冷凍電鏡的數(shù)據(jù)處理部分主要包含了以下的流程:(1)襯度傳遞函數(shù)的修正(CTFcorrection);(2)樣品分子投影數(shù)據(jù)的篩選(particleselection);(3)二維投影數(shù)據(jù)的分類和降噪(2Danalysis);(4)三維模型的重構(gòu)和優(yōu)化(3Dreconstructionandrefinement);(5)多重構(gòu)象的結(jié)構(gòu)分析(heterogeneityanalysis);(6)對重建結(jié)構(gòu)分辨率的分析(structureresolutionassessment);(7)結(jié)合生物化學(xué)原理和實驗數(shù)據(jù)對三維結(jié)構(gòu)的解讀(modelinterpretationandvalidation)。連云港單顆粒冷凍電鏡技術(shù)品牌冷凍電鏡技術(shù)的獨特優(yōu)勢:它與X射線晶體學(xué)、核磁共振一起構(gòu)成了結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的基礎(chǔ)。
冷凍電鏡技術(shù)是什么呢?冷凍電鏡用于生物樣品三維結(jié)構(gòu)解析,包含單顆粒分析、微晶電子衍射和冷凍電子斷層掃描3種技術(shù)。冷凍電鏡單顆粒分析技術(shù)(cryo-EMSPA)是一種以單顆粒形式分析生物分子組裝的新方法,通過將負(fù)染電鏡篩選獲得的合適濃度的生物分子樣品快速冷凍,使生物大分子以近天然狀態(tài)存在于無定形冰中,然后進(jìn)行冷凍樣品的篩選、數(shù)據(jù)收集和三維結(jié)構(gòu)解析,從而獲得高分辨率的生物分子結(jié)構(gòu)。冷凍電鏡單顆粒分析技術(shù)能夠從分子層面進(jìn)行詳細(xì)的研究,解析基于結(jié)構(gòu)的藥物研發(fā)的分子基礎(chǔ),而冷凍電子斷層掃描能夠從亞細(xì)胞水平觀察目標(biāo)分子在原位細(xì)胞環(huán)境中的作用位點和作用機制,相信在不久的將來能夠用于進(jìn)一步確認(rèn)基于結(jié)構(gòu)的藥物研究的可靠性。微晶電子衍射不只能夠進(jìn)行小分子微晶結(jié)構(gòu)解析,也可與現(xiàn)有技術(shù)互補,進(jìn)行生物大分子及其復(fù)合物的微晶結(jié)構(gòu)解析。
冷凍電鏡技術(shù)未來之路在何方?除了蛋白等生物大分子外,生物樣品還有很重要的一面是細(xì)胞和組織。即使是目前有很多重要的蛋白結(jié)構(gòu)都得到了埃米級別的解析,但由于它們都是純化出來的,已經(jīng)脫離了原來位置,就如同一片樹葉脫離了大樹,研究的再深刻,目前也只是一葉遮目,不要說推測這片樹葉在森林里的位置,即使是在哪顆特定大樹上的生長部位和結(jié)構(gòu)都很難說。因此解析細(xì)胞或組織這樣大尺度的高分辨精細(xì)結(jié)構(gòu)具有更普遍的生物學(xué)意義。冷凍電鏡技術(shù)可實現(xiàn)直接觀察液體、半液體及對電子束敏感的樣品,如生物、高分子材料等。
冷凍電鏡技術(shù)助力快速、高效的新藥研發(fā):分子生物學(xué)興起后,基于靶點的藥物發(fā)現(xiàn)逐漸成為主流新藥研發(fā)模式。通常通過結(jié)構(gòu)生物學(xué)方法獲得靶點及靶點-受體相互作用的結(jié)合位點。將靶點結(jié)構(gòu)和結(jié)合位點作為模型進(jìn)行虛擬篩選,并通過高通量的方法獲得可能結(jié)合的潛在分子,并進(jìn)一步通過結(jié)構(gòu)生物學(xué)方法直接解析靶點-潛在分子的高分辨率結(jié)構(gòu),進(jìn)行潛在分子的確認(rèn)。冷凍電鏡“分辨率改變”使其成為獲得優(yōu)于3?結(jié)構(gòu)的常規(guī)技術(shù)。高分辨率的結(jié)構(gòu)能夠清晰地描繪靶點與潛在分子相互作用的信息,包括結(jié)合表位、配體手性等,為潛在化合物的結(jié)構(gòu)改造提供了指導(dǎo)。新的疾病或者突發(fā)流行病需要進(jìn)行從頭藥物設(shè)計研究,這些應(yīng)對性的藥物研發(fā)需要有大量基礎(chǔ)研究的積累。冷凍電鏡技術(shù)既完美契合了結(jié)構(gòu)生物學(xué)的基礎(chǔ)研究,又能夠助力加速基于結(jié)構(gòu)的藥物研發(fā)。冷凍電鏡技術(shù)采用的快速冷凍技術(shù)關(guān)鍵在于“快速”。連云港單顆粒冷凍電鏡技術(shù)品牌
冷凍電鏡技術(shù)之冷凍透射電鏡通常是在普通透射電鏡上加裝樣品冷凍設(shè)備。廈門冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)電話
冷凍電鏡技術(shù)工作流程:首先是樣品制備。高純度、高濃度的蛋白樣品溶液被滴在一個特制的樣品載網(wǎng)上面。載網(wǎng)由一張布滿小孔的超薄非晶碳薄膜和金屬支撐框架組成,在表面張力的作用下,微孔上會形成一層跨孔的薄水膜。將多余溶液吸走后,把載有蛋白溶液超薄膜的載網(wǎng)迅速投入到液態(tài)乙烷冷凍劑中使其快速冷凍,從而使蛋白質(zhì)分散固定在玻璃態(tài)的冰膜中。然后電鏡圖像采集。選擇較有可能產(chǎn)生較佳圖像的較佳顆粒密度和玻璃態(tài)冰厚度的樣品。廈門冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)電話
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