PCR的反應(yīng)條件:dNTP濃度過高會(huì)加快反應(yīng)速度,但同時(shí)還可以增加堿基的錯(cuò)誤摻入率。引物濃度過高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增。TaqDNA聚合酶濃度過高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增,低則合成產(chǎn)物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能,摻入錯(cuò)誤率達(dá)2*E-4個(gè)核苷酸,一個(gè)30個(gè)循環(huán)的擴(kuò)增反應(yīng)0.1%-0.25%總錯(cuò)誤率。在90~95度下可使整個(gè)基因組的DNA變性為單鏈。一般94~95度30~60s。時(shí)間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40~60度使引物和模板結(jié)合。引物長度在15~25時(shí)退火溫度。熱啟動(dòng)/冷完成聚合酶鏈反應(yīng)是通過新的雜合聚合酶實(shí)現(xiàn)的,這些酶在環(huán)境溫度下不活躍。Real-time PCR探針法適用于擴(kuò)增序列專一的體系的檢測。黃山特殊樣本熒光PCR
內(nèi)標(biāo)在傳統(tǒng)定量中的作用,由于傳統(tǒng)定量方法都是終點(diǎn)檢測,即PCR到達(dá)平臺(tái)期后進(jìn)行檢測,而PCR經(jīng)過對數(shù)期擴(kuò)增到達(dá)平臺(tái)期時(shí),檢測重現(xiàn)性極差。同一個(gè)模板在96孔PCR儀上做96次重復(fù)實(shí)驗(yàn),所得結(jié)果有很大差異,因此無法直接從終點(diǎn)產(chǎn)物量推算出起始模板量。加入內(nèi)標(biāo)后,可部分消除終產(chǎn)物定量所造成的不準(zhǔn)確性。但即使如此,傳統(tǒng)的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。內(nèi)標(biāo)對定量PCR的影響,若在待測樣品中加入已知起始拷貝數(shù)的內(nèi)標(biāo),則PCR反應(yīng)變?yōu)殡p重PCR,雙重PCR反應(yīng)中存在兩種模板之間的干擾和競爭,尤其當(dāng)兩種模板的起始拷貝數(shù)相差比較大時(shí),這種競爭會(huì)表現(xiàn)得更為明顯。但由于待測樣品的起始拷貝數(shù)是未知的,所以無法加入合適數(shù)量的已知模板作為內(nèi)標(biāo)。也正是這個(gè)原因,傳統(tǒng)定量方法雖然加入內(nèi)標(biāo),但仍然只是一種半定量的方法。武漢血液RT-PCR檢測技術(shù)技術(shù)服務(wù)Real-time PCR利用螢光信號累積實(shí)時(shí)監(jiān)測整個(gè)PCR進(jìn)程。
Real-time PCR鏈反應(yīng):嵌套聚合酶鏈反應(yīng):通過減少DNA非特異性擴(kuò)增的背景,提高DNA擴(kuò)增的特異性。兩組引物用于兩個(gè)連續(xù)的PCR。在個(gè)反應(yīng)中,一對引物用于產(chǎn)生DNA產(chǎn)物,除了預(yù)期的靶之外,該產(chǎn)物可能仍然由非特異性擴(kuò)增的DN段組成。然后用一組引物將產(chǎn)物用于第二次聚合酶鏈反應(yīng),所述引物的結(jié)合位點(diǎn)完全或部分不同于次反應(yīng)中使用的每個(gè)引物,并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴(kuò)增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功,但它需要更詳細(xì)的目標(biāo)序列知識(shí)。重疊延伸聚合酶鏈反應(yīng)或者通過重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個(gè)或多個(gè)含有互補(bǔ)序列的DN段拼接在一起的基因工程技術(shù)。它用于連接含有基因、調(diào)節(jié)序列或突變的DN段;這項(xiàng)技術(shù)可以創(chuàng)造特定的長DNA構(gòu)建體。它還可以將缺失、插入或點(diǎn)突變引入DNA序列。
Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見問題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽性:出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致,有時(shí)其條帶更整齊,亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有:減少酶量,或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:PCR所用的酶主要有兩種來源:Taq和Pfu,分別來自兩種不同的噬熱菌。所謂實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán)。
Real-time PCR反應(yīng):多重連接依賴探針擴(kuò)增(MLPA):允許用單個(gè)引物對擴(kuò)增多個(gè)靶標(biāo),從而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶鏈反應(yīng):由單個(gè)PCR混合物中的多個(gè)引物組組成,以產(chǎn)生對不同DNA序列特異的不同大小的擴(kuò)增子。通過同時(shí)靶向多個(gè)基因,可以從單次測試中獲得額外的信息,否則將需要幾次試劑和更多時(shí)間來執(zhí)行。每個(gè)引物組的退火溫度必須優(yōu)化,以在單個(gè)反應(yīng)中正確工作,并符合擴(kuò)增子尺寸。也就是說,當(dāng)通過凝膠電泳可視化時(shí),它們的堿基對長度應(yīng)該足夠不同以形成不同的條帶。實(shí)時(shí)定量PCR通用電腦,自動(dòng)分析軟件等構(gòu)成。武漢血液RT-PCR檢測技術(shù)技術(shù)服務(wù)
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的模板的取材主要依據(jù)PCR的擴(kuò)增對象。黃山特殊樣本熒光PCR
Real-time PCR鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法:反應(yīng)緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化完全并徹底混勻。引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計(jì)引物。引物量過多。減少反應(yīng)體系中引物的用量。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng,而基因組DNA則應(yīng)<200ng。外源DNA污染。確保操作的潔凈。陰性對照出現(xiàn)條帶:試劑,頭,工作臺(tái)污染。使用全新的試劑和頭,對工作臺(tái)進(jìn)行清潔。條帶大小與理論不符:污染。使用全新的試劑和頭,對工作臺(tái)進(jìn)行清潔。模板或引物使用錯(cuò)誤。更換引物和模板?;騺喰?。對研究的基因進(jìn)行序列分析和BLAST研究。逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)較廣用于表達(dá)譜,以確定基因的表達(dá)或鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的序列。黃山特殊樣本熒光PCR
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