Real-time PCR的染料法和探針法的選擇:進(jìn)行mRNA表達(dá)量的測定,采用染料法是比較經(jīng)濟實惠的;染料法可以通過比較熔解曲線的熔解峰位置得到產(chǎn)物特異性的情況;目的基因和內(nèi)參基因分管檢測,染料法可以選用Realtime染料PCRPreMIX,探針法主要應(yīng)用于病毒RNA的檢測;以及單位點突變(SNP);多基因的合并檢測,探針法還可用于同一個反應(yīng)中同時檢測目的基因和內(nèi)參基因的情況;而染料法則必須分管檢測。Real-time PCR:實時熒光定量PCR技術(shù)(Real-timequantitativePolymeraseChainReaction簡稱Real-time PCR)是在定性PCR技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的核酸定量技術(shù)。實時熒光定量在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個PCR進(jìn)程,使每一個循環(huán)變得“可見”,之后通過Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線對樣品中的DNA(orcDNA)的起始濃度進(jìn)行定量的方法。Real-time PCR可看作是生物體外的特殊DNA復(fù)制。杭州特殊樣本Real-time PCR哪家好
實時定量PCR的系統(tǒng)構(gòu)成及工作原理:熒光定量檢測系統(tǒng)由實時熒光定量PCR儀,實時熒光定量試劑,通用電腦,自動分析軟件等構(gòu)成。設(shè)備由熒光定量系統(tǒng)和計算機組成,用來監(jiān)測循環(huán)過程的熒光。與實時設(shè)備相連的計算機收集熒光數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)通過開發(fā)的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數(shù)據(jù)被繪制成熒光強度相對于循環(huán)數(shù)的圖表。原始數(shù)據(jù)收集后可以開始分析。實時設(shè)備的軟件能使收集到的數(shù)據(jù)進(jìn)行正?;幚韥韽浹a背景熒光的差異。正?;罂梢栽O(shè)定域值水平,這就是分析熒光數(shù)據(jù)的水平。珠海特殊樣本PCR檢測技術(shù)哪家好實時熒光定量PCR的定量方法,在Real-time PCR中,模板定量有兩種策略。
聚合酶鏈反應(yīng)注意事項:在實驗過程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中,注意避免mRNA的斷裂;為了防止非特異性擴增,必須設(shè)陰性對照;內(nèi)參的設(shè)定主要為了用于靶RNA的定量。常用的內(nèi)參有G3PD(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-Actin(β-肌動蛋白)等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應(yīng)體系中擴增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差;PCR不能進(jìn)入平臺期,出現(xiàn)平臺效應(yīng)與所擴增的目的基因的長度、序列、二級結(jié)構(gòu)以及目標(biāo)DNA起始的數(shù)量有關(guān)。故對于每一個目標(biāo)序列出現(xiàn)平臺效應(yīng)的循環(huán)數(shù),均應(yīng)通過單獨實驗來確定;防止DNA的污染:采用DNA酶處理RNA;在可能的情況下,將PCR引物置于基因的不同外顯子,以消除基因和mRNA的共線性。聚合酶鏈反應(yīng)可以選擇這些突變來理解蛋白質(zhì)是如何完成其功能的,并改變或改善蛋白質(zhì)功能。
Real-time PCR:基線(baseline):通常是3-15個循環(huán)的熒光信號,同一次反應(yīng)中針對不同的基因需單獨設(shè)置基線。閾值(threshold):自動設(shè)置是3-15個循環(huán)的熒光信號的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。手動設(shè)置:置于指數(shù)擴增期,剛好可以清楚地看到熒光信號明顯增強。同一次反應(yīng)中針對不同的基因可單獨設(shè)置閾值,但對于同一個基因擴增一定要用同一個閾值。Ct值:與起始濃度的對數(shù)成線性關(guān)系,分析定量時候一般取Ct:15-35.太大或者太小都會導(dǎo)致定量的不準(zhǔn)確。相對定量:通過與內(nèi)參基因Ct值之間的相差來計算基因之間的表達(dá)差異,一般是2-△△Ct。或者是考慮擴增效率的Pfaffl法。聚合酶鏈反應(yīng)為這些技術(shù)提供了大量的純DNA,有時是單鏈的。
Real-time PCR操作流程:1、收集樣品。2相關(guān)試劑總RNA提取試劑TREzolReagent(RNA提取試劑),M-MLV(cDNA逆轉(zhuǎn)錄酶),RNA純化試劑,RealqPCRMasterMix(螢光定量PCR預(yù)混試劑)。3實驗儀器螢光定量PCR儀;PCR儀;低溫離心機。4總RNA提取。5cDNA合成在0.5ml的離心管中加入1µl模板總RNA(1µg/µl);Real-time PCR操作流程:2µl隨機引物(T18,10pmol/ul);2µl10mMdNTPmix;加水至15µl體系?;靹蚝?0℃變性RNA5分鐘,冰上速冷1分鐘,離心將溶液收集至管底加入6µl5×PCRbuffer;1µlRNaseout;1µlM-MLVRT;加水至30µl體系。PCR儀中反應(yīng)條件設(shè)定37℃延伸60min,70℃保溫15min終止反應(yīng)。合成好的cDNA置于-20℃保存?zhèn)溆?。聚合酶鏈反?yīng)是是一種簡單,廉價和可靠的方法復(fù)制DN段。常州分子生物學(xué)熒光定量PCR原理及步驟
因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應(yīng)的對引物設(shè)計的要求就很高。杭州特殊樣本Real-time PCR哪家好
引物的設(shè)計對于這個實驗至關(guān)重要,因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應(yīng)的對引物設(shè)計的要求就很高。普通的要求規(guī)則大家都知道,還有幾點必須注意:1,引物的錯配率(引物錯配形成引物二聚體,但是SYBR照樣能嵌入進(jìn)去,結(jié)果導(dǎo)致實驗結(jié)果的誤差很大,重復(fù)性也不好)。2,引物的特異性一定要高(不像常規(guī)PCR,引物同源性不高,只要兩條產(chǎn)物的片段長度相差足夠大,在電泳的時候能夠區(qū)分開就可以。Real-time PCR只有在熔解曲線的時候能分開,所以這就造成整個實驗結(jié)果誤差很大,不可信)。杭州特殊樣本Real-time PCR哪家好
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