聚合酶鏈式反應準備:10×擴增緩沖液、4種dNTP混合物(終濃度)、引物(終濃度)、模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg2+(終濃度)、補加雙蒸水等。其中dNTP、引物、模板DNA、Taq DNA聚合酶以及Mg2+的加量(或濃度)可根據(jù)實驗調(diào)整,以上表格只提供大致參考值。PCR反應五要素:參加PCR反應的物質(zhì)主要有五種即:引物(PCR引物為DN段,細胞內(nèi)DNA復制的引物為一段RNA鏈)、酶、dNTP、模板和緩沖液(其中需要Mg2+)。引物有多種設計方法,由PCR在實驗中的目的決定,但基本原則相同。PCR的很大特點是能將微量的DNA大幅增加。南通實時PCR檢測技術設計公司
聚合酶鏈式反應:RNA和DNA的五碳糖,前者比后者多了一個O,由于多出來的O原子造成了RNA和DNA的堿基不同,即O原子造成U和T的不同,U分子化學式C4H4N2O2,T胸腺嘧啶化學式C5H6N2O2,現(xiàn)在將兩個分子式進行對比,U比T多了CH2,結合前面的核糖區(qū)別,還有一個O分子,其余結構相同,那么O和CH2之間的聯(lián)系是什么?是什么導致DNA和RNA的區(qū)別是RNA比DNA多了O和CH2?或者說如何將病毒的堿基中U變成DNA堿基中的T?若從結構上說,直接從U中加入一個CH2,得到了T,這里面介入化學鍵的斷裂和重組,但是這樣一來的話,即使U變成了T,但是核糖依舊是RNA比DNA多了一個O分子,只是此時結構是某分子=核糖(C4H9O4CHO)+堿基(A T G C),形成了RNA的五碳糖+DNA的堿基這種分子了。此時將這種分子導入受體細胞(亦或者蛋白質(zhì))中,表達的性質(zhì)一定不同于病毒表達的性質(zhì)。珠海實時RT-PCR檢測技術方案逆轉錄-聚合酶鏈反應較廣用于表達譜,以確定基因的表達或鑒定RNA轉錄物的序列。
聚合酶鏈式反應準備:引物內(nèi)部不應出現(xiàn)互補序列。兩個引物之間不應存在互補序列,尤其是避免3 ′端的互補重疊。引物與非特異擴增區(qū)的序列的同源性不要超過70%,引物3′末端連續(xù)8個堿基在待擴增區(qū)以外不能有完全互補序列,否則易導致非特異性擴增。引物3‘端的堿基,特別是很末及倒數(shù)第二個堿基,應嚴格要求配對,很好選擇是G和C。引物的5′端可以修飾。如附加限制酶位點,引入突變位點,用生物素、熒光物質(zhì)、地高辛標記,加入其它短序列,包括起始密碼子、終止密碼子等。
聚合酶鏈反應注意事項:在實驗過程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中,注意避免mRNA的斷裂;為了防止非特異性擴增,必須設陰性對照;內(nèi)參的設定:主要為了用于靶RNA的定量。常用的內(nèi)參有G3PD(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-Actin(β-肌動蛋白)等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應體系中擴增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差;PCR不能進入平臺期,出現(xiàn)平臺效應與所擴增的目的基因的長度、序列、二級結構以及目標DNA起始的數(shù)量有關。故對于每一個目標序列出現(xiàn)平臺效應的循環(huán)數(shù),均應通過單獨實驗來確定;防止DNA的污染: 采用DNA酶處理RNA; 在可能的情況下,將PCR引物置于基因的不同外顯子,以消除基因和mRNA的共線性?,F(xiàn)在有些PCR因為擴增區(qū)很短,即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內(nèi)復制完成。
PCR的反應條件:Tm=4(G+c)+(A+T),一般在45~55度,溫度低容易退火但特異性低;溫度高,不容易退火但特異性高。退火時間30秒。延伸溫度一般在70~75度這時TaqDNA聚合酶活性很高(150個/S),當引物在16個堿基以下時可采用緩慢升高溫度到70~75度的方法,使在低溫下就開始合成。一般<1KB時間1分鐘即可。當〈1KB時在較后的循環(huán)中延長擴增時間。循環(huán)次數(shù)25~30次。無產(chǎn)物時:取10ul擴增混合液作模板在進行PCR擴增;增加TaqDNA聚合酶濃度;增加循環(huán)次數(shù);降低退火溫度;加靶DNA量。聚合酶鏈式反應中要確保反應緩沖液融化完全并徹底混勻。珠海實時RT-PCR檢測技術方案
聚合酶鏈式反應:模板的制備,PCR的模板可以是DNA,也可以是RNA。南通實時PCR檢測技術設計公司
聚合酶鏈反應:流聚合酶鏈反應:一種偽等溫PCR方法。將溶液置于熱梯度下,而不是反復加熱和冷卻聚合酶鏈反應混合物。由此產(chǎn)生的熱不穩(wěn)定性驅(qū)動對流流動自動將聚合酶鏈反應試劑從熱區(qū)域和冷區(qū)域打亂,從而反復啟動聚合酶鏈反應。通過利用混沌流場的出現(xiàn),可以優(yōu)化熱邊界條件和PCR外殼的幾何形狀等參數(shù),以產(chǎn)生特異和快速的PCR。這種對流聚合酶鏈反應設置明顯降低了設備功率需求和操作時間。逆轉錄聚合酶鏈反應(逆轉錄-聚合酶鏈反應):用于從RNA中擴增DNA。逆轉錄酶將核糖核酸逆轉錄成cDNA ,然后通過聚合酶鏈反應進行擴增。逆轉錄-聚合酶鏈反應較廣用于表達譜,以確定基因的表達或鑒定RNA轉錄物的序列,包括轉錄起始和終止位點。如果基因的基因組DNA序列是已知的,逆轉錄-聚合酶鏈反應可以用來繪制基因中外顯子和內(nèi)含子的位置。基因的5’端(對應于轉錄起始位點)通常通過 RACE-PCR (快速擴增cDNA末端)中。南通實時PCR檢測技術設計公司